一、以自动离职为由扣押工资合理吗
不合理，但如果劳动者自动离职,没有提前通知公司,可能会在一定程度上给公司造成损失,公司有权扣除你一部分的工资,但应适当。
二、自动离职与辞职的区别
自动离职，是职工根据企业和自身情况擅自离职，而强行解除与企业的劳动关系的一种行为。有的职工因辞职未准或要求解除合同未被同意，便擅自离职或违约出走;有的职工未说明原因不辞而别;也有的受优厚待遇诱惑而擅自“跳槽”等均属自动离职范围。
对于违反保密义务、竞业限制以及签订专项培训协议约定服务期规定的自动离职人员，用人单位可以要求其支付违约金。
辞职即辞去职务，是劳动者向用人单位提出解除劳动合同或劳动关系的行为。辞职一般有两种情形，一是依法立即解除劳动关系。如用人单位对职工有暴力或威胁行为强迫其劳动、不按合同约定支付工资等，职工可以随时向用人单位提出解除劳动合同的要求;二是根据职工自己的选择，提前30日以书面形式通知用人单位解除劳动合同关系。
辞职需要经过组织或者上级同意，而自动离职是指劳动者不向用人单位打招呼，随意脱离所在工作岗位和所在单位的行为。
三、认定劳动者自动离职应把握三点：
第一，劳动者有离开企业且在规定时限内不愿回企业的主观意愿;
第二，未履行相关手续或虽履行了手续但未经企业批准;
第三，超过规定的时限。
最高人民法院《关于民事诉讼证据的若干规定》第六条和《关于审理劳动争议案件适用法律若干问题的解释》第十三条均规定，因用人单位作出开除、除名、辞退、解除劳动合同、减少劳动报酬、计算劳动者工作年限等决定而发生劳动争议的，由用人单位负举证责任。
自动离职与工资扣押的合理性
律师回答
摘要：自动离职不合理，公司可以扣除部分工资，但应适当。自动离职与辞职的区别在于前者未经组织或上级同意，后者经过同意。劳动者自动离职需满足三点：主观意愿离开企业、未履行手续或未获批准、超过规定时限。根据最高法院规定，用人单位负举证责任。违反保密、竞业限制等可要求支付违约金。
延伸阅读
结语：根据劳动法相关规定，以自动离职为由扣押工资是不合理的。虽然劳动者自动离职可能给公司造成一定损失，但公司只有在合理范围内才能扣除部分工资。自动离职与辞职有所区别，自动离职是未经用人单位同意擅自离职，而辞职是经过组织或上级同意解除劳动合同关系。在认定劳动者自动离职时，需要考虑劳动者的主观意愿、履行手续与企业批准情况以及是否超过规定时限。根据最高人民法院的规定，劳动争议由用人单位负举证责任。
法律依据
中华人民共和国劳动合同法（2012修正）：第四章 劳动合同的解除和终止 第三十九条 【用人单位单方解除劳动合同（过失性辞退）】劳动者有下列情形之一的，用人单位可以解除劳动合同：
（一）在试用期间被证明不符合录用条件的；
（二）严重违反用人单位的规章制度的；
（三）严重失职，营私舞弊，给用人单位造成重大损害的；
（四）劳动者同时与其他用人单位建立劳动关系，对完成本单位的工作任务造成严重影响，或者经用人单位提出，拒不改正的；
（五）因本法第二十六条第一款第一项规定的情形致使劳动合同无效的；
（六）被依法追究刑事责任的。
中华人民共和国劳动合同法（2012修正）：第四章 劳动合同的解除和终止 第四十一条 【经济性裁员】有下列情形之一，需要裁减人员二十人以上或者裁减不足二十人但占企业职工总数百分之十以上的，用人单位提前三十日向工会或者全体职工说明情况，听取工会或者职工的意见后，裁减人员方案经向劳动行政部门报告，可以裁减人员：
（一）依照企业破产法规定进行重整的；
（二）生产经营发生严重困难的；
（三）企业转产、重大技术革新或者经营方式调整，经变更劳动合同后，仍需裁减人员的；
（四）其他因劳动合同订立时所依据的客观经济情况发生重大变化，致使劳动合同无法履行的。
裁减人员时，应当优先留用下列人员：
（一）与本单位订立较长期限的固定期限劳动合同的；
（二）与本单位订立无固定期限劳动合同的；
（三）家庭无其他就业人员，有需要扶养的老人或者未成年人的。
用人单位依照本条第一款规定裁减人员，在六个月内重新招用人员的，应当通知被裁减的人员，并在同等条件下优先招用被裁减的人员。
中华人民共和国劳动合同法（2012修正）：第四章 劳动合同的解除和终止 第四十条 【无过失性辞退】有下列情形之一的，用人单位提前三十日以书面形式通知劳动者本人或者额外支付劳动者一个月工资后，可以解除劳动合同：
（一）劳动者患病或者非因工负伤，在规定的医疗期满后不能从事原工作，也不能从事由用人单位另行安排的工作的；
（二）劳动者不能胜任工作，经过培训或者调整工作岗位，仍不能胜任工作的；
（三）劳动合同订立时所依据的客观情况发生重大变化，致使劳动合同无法履行，经用人单位与劳动者协商，未能就变更劳动合同内容达成协议的。
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（三）劳动合同订立时所依据的客观情况发生重大变化，致使劳动合同无法履行，经用人单位与劳动者协商，未能就变更劳动合同内容达成协议的。
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