律师分析：
1、名称不同
国务院组成部门的名称分别叫“部、委、行、署”，除中国人民银行外，开头都冠“中华人民共和国”。这里的“中华人民共和国”既是国别概念，也是区域概念。国务院直属机构中，除中华人民共和国海关总署、国务院参事室外，其他机构名称大都是“国家（总）局”，对外交往中可在名称前加“中华人民共和国”或“中国”。这些机构名称中冠“国家”，也是为了与地方政府相应机构进行区分。
2、职能不同
国务院组成部门，依法分别履行国务院基本的行政管理职能。国务院直属机构，主管国务院的某项专门业务，具有独立的行政管理职能。
【法律依据】：
《国务院行政机构设置和编制管理条例》第六条 国务院行政机构根据职能分为国务院办公厅、国务院组成部门、国务院直属机构、国务院办事机构、国务院组成部门管理的国家行政机构和国务院议事协调机构。国务院办公厅协助国务院领导处理国务院日常工作。国务院组成部门依法分别履行国务院基本的行政管理职能。国务院组成部门包括各部、各委员会、中国人民银行和审计署。国务院直属机构主管国务院的某项专门业务，具有独立的行政管理职能。国务院办事机构协助国务院总理办理专门事项，不具有独立的行政管理职能。国务院组成部门管理的国家行政机构由国务院组成部门管理，主管特定业务，行使行政管理职能。国务院议事协调机构承担跨国务院行政机构的重要业务工作的组织协调任务。国务院议事协调机构议定的事项，经国务院同意，由有关的行政机构按照各自的职责负责办理。在特殊或者紧急的情况下，经国务院同意，国务院议事协调机构可以规定临时性的行政管理措施。
