员工的个人所得税工资和实际收到的工资不一样是正常的，主要是源于这二者包含的内容是不同的。个人所得税工资也是个人应计算和缴纳个人所得税的应纳税所得额，是减除各项扣除费用后的余额。
工资薪金是指个人因任职或受雇而取得的工资、薪金、奖金、年终加薪、劳动分红、津贴、补贴以及与任职或者受雇有关的其他所得。按照税法规定，除国家统一规定减免税项目外，工资、薪金所得范围内的全部收入，应一律照章征收个人所得税。
另外，现实中还有一些所得的发放也被视为取得工资、薪金的情形。比如，企业员工取得的用于购买企业国有股权的劳动分红，需要按“工资、薪金所得”项目计算和缴纳个人所得税;再比如，出租汽车经营单位对出租车驾驶员采取单车承包或承租方式运营，出租车驾驶员从事客货营运取得的收入，也按照工资、薪金征收个人所得税。
当然，还有一些不属于工资、薪金性质的补贴、津贴不属于纳税人员工工资、薪金所得项目的收入，则不予征收个人所得税。比如，独生子女补贴;托儿补助费;差旅费津贴、误餐补助(单位以误餐补助名义发给职工的补助、津贴除外);执行公务员工资制度未纳入基本工资总额的补贴、津贴差额和家庭成员的副食品补贴;外国来华留学生，领取的生活津贴费、奖学金，不属于工资、薪金范畴等，均不需要计算和缴纳个人所得税。
二、个人所得税工资费用减除标准。其扣除标准为，以每年收入额减除60000元，以及专项扣除、专项附加扣除和其他扣除。
1、专项扣除。专项扣除为员工缴纳的养老金、医疗保险、失业保险和住房公积金。
2、专项附加扣除。专项附加扣除，包括子女教育、继续教育、大病医疗、住房贷款利息或住房租金、赡养老人支出等。
3、其他扣除，其他扣除主要包括企业年金、职业年金、商业健康保险、税收递延型商业养老保险等。
三、实际收到工资也是实发工资。员工的工资总额按照发放方式分为应发工资和实发工资。工资总额(应发工资)是企业在一定期间内(一般是一个月)支付给员工的劳动报酬总额，其主要包括按照工时计算的计时工资、按照计件单价计算的计件工资、各种经常性奖金、工资性质的津贴、加班加点工资等。
1、应发工资也是工资总额，是企业在一定期间内，应支付给员工的工资薪金总额。
2、实发工资即实际收到的工资。实发工资不同于应发工资，实发工资为应发工资减去个人缴纳的三险一金和缴纳的个人所得税的余额，为员工实际拿到手的工资。即实发工资=应发工资-三险一金的个人部分-缴纳的个人所得税。
因此，个人所得税工资与实发工资不同是正常的，二者包含的内容是不同的。
