对于登记为集体所有制的社有企业,供销合作社与社有企业的关系,执行《中共中央国务院关于深化供销合作社改革的决定》(中发〔1995〕5号)文件的规定。即,按照社企分开的原则,理顺各级供销合作社理事会于其所属企业的关系。各级供销合作社理事会是本社集体财产(包括所属企事业财产)的所有权代表和管理者,拥有对所属企业主要负责人的聘任和解聘权,企业重大经营、投资活动的审批权,企业经营管理的监督检查权,享有财产收益权,但不干预企业的具体业务活动。各级供销合作社所属企业是独立的企业法人,拥有经营、用工、分配等自主权,实行自主经营、自负盈亏、自我发展、自我约束。
对于登记为有限责任公司或股份有限公司的社有企业,供销合作社与社有企业的关系,执行《公司法》的规定。即,供销合作社是社有企业的出资人(股东),依照《公司法》第四条的规定,供销合作社“依法享有资产收益、参与重大决策和选择管理者等权利”,供销合作社作为股东以出资额(股份)为限对公司承担有限责任。社有企业(公司)是企业法人,有独立的法人财产,享有法人财产权,以其全部财产对公司的债务承担责任。