法律分析：一、非法经营没收员工工资如何处理
依据我国相关法律的规定，相关行政机关要查处非法经营活动时，对员工工资进行没收后，员工对没收决定有异议的，可以申请行政复议维护自己的利益。
《中华人民共和国行政复议法》
第六条有下列情形之一的，公民、法人或者其他组织可以依照本法申请行政复议:
(一)对行政机关作出的警告、罚款、没收违法所得、没收非法财物、责令停产停业、暂扣或者吊销许可证、暂扣或者吊销执照、行政拘留等行政处罚决定不服的;
(二)对行政机关作出的限制人身自由或者查封、扣押、冻结财产等行政强制措施决定不服的;
(三)对行政机关作出的有关许可证、执照、资质证、资格证等证书变更、中止、撤销的决定不服的;
(四)对行政机关作出的关于确认土地、矿藏、水流、森林、山岭、草原、荒地、滩涂、海域等自然资源的所有权或者使用权的决定不服的;
(五)认为行政机关侵犯合法的经营自主权的;
(六)认为行政机关变更或者废止农业承包合同，侵犯其合法权益的;
(七)认为行政机关违法集资、征收财物、摊派费用或者违法要求履行其他义务的;
(八)认为符合法定条件，申请行政机关颁发许可证、执照、资质证、资格证等证书，或者申请行政机关审批、登记有关事项，行政机关没有依法办理的;
(九)申请行政机关履行保护人身权利、财产权利、受教育权利的法定职责，行政机关没有依法履行的;
(十)申请行政机关依法发放抚恤金、社会保险金或者最低生活保障费，行政机关没有依法发放的;
(十一)认为行政机关的其他具体行政行为侵犯其合法权益的。
二、非法经营罪有哪些表现形式
有下列四种非法经营行为之一，扰乱市场秩序，情节严重的，构成非法经营罪。
1、未经国家有关主管部门批准，非法经营证券、期货或者保险业务的。
根据国家关于金融体制改革的方案和有关文件精神，国务院先后成立了中国证券监督管理委员会、中国保险监督管理委员会等，开始对证券业、期货业、保险业等实行专业化管理。从事证券、期货业务，必须由中国证券监督管理委员会审批。从事保险业务，必须经保监会审查批准。任何单位和个人如果未经批准不得经营证券、期货或者保险业务。
2、未经许可经营法律、行政法规规定的专营、专卖物品或者其他限制买卖的物品的。
主要是指未经国家有关主管部门的批准并取得经营许可证，非法经营由法律、行政法规明确规定的由专门的机构经营的专营、专卖的物品或者其他限制买卖物品的行为。如未经国家主管部门批准经营金银、烟草等;“其他限制买卖的物品”是指国家根据经济发展和维护国家、社会和人民群众利益的需要，规定在一定时期实行限制性经营的物品，如化肥、棉花、农药等。专营、专卖物品和限制买卖物品的范围，不是固定不变的，随着社会主义市场经济的发展，法律、行政法规的规定可能出现变化。
3、买卖进出口许可证、进出口原产地证明以及其他法律、行政法规规定的经营许可证或者批准文件的。
这里需要说明的是，“进出口许可证”是国家外贸主管部门对企业颁发的可以从事进出口业务的确认资格的文件。“进出口原产地证明”是从事进出口经营活动中，由国家规定的，进出口产品时必须附带的由原产地有关主管机关出具的证明文件。为维护市场经济有序和规范的发展，国家对某些生产经营活动实行许可证管理制度或审批管理制度，这里的“其他法律、行政法规规定的经营许可证或者批准文件’指的是现有的和将来法律、行政法规规定的所有的经营许可证或者批准文件，如林木采伐证、矿产开采证、野生动物狩猎证等等。
4、其他严重扰乱市场秩序的非法经营行为。
这里所说的其他非法经营行为应当具备以下条件：第一，这种行为发生在经营活动中，主要是生产、流通领域中。第二，这种行为违反法律、法规的规定。第三，具有社会危害性，严重扰乱市场经济秩序。
法律依据：《中华人民共和国行政复议法》
第六条有下列情形之一的，公民、法人或者其他组织可以依照本法申请行政复议:
(一)对行政机关作出的警告、罚款、没收违法所得、没收非法财物、责令停产停业、暂扣或者吊销许可证、暂扣或者吊销执照、行政拘留等行政处罚决定不服的;
(二)对行政机关作出的限制人身自由或者查封、扣押、冻结财产等行政强制措施决定不服的;
(三)对行政机关作出的有关许可证、执照、资质证、资格证等证书变更、中止、撤销的决定不服的;
(四)对行政机关作出的关于确认土地、矿藏、水流、森林、山岭、草原、荒地、滩涂、海域等自然资源的所有权或者使用权的决定不服的;
(五)认为行政机关侵犯合法的经营自主权的;
(六)认为行政机关变更或者废止农业承包合同，侵犯其合法权益的;
(七)认为行政机关违法集资、征收财物、摊派费用或者违法要求履行其他义务的;
(八)认为符合法定条件，申请行政机关颁发许可证、执照、资质证、资格证等证书，或者申请行政机关审批、登记有关事项，行政机关没有依法办理的;
(九)申请行政机关履行保护人身权利、财产权利、受教育权利的法定职责，行政机关没有依法履行的;
(十)申请行政机关依法发放抚恤金、社会保险金或者最低生活保障费，行政机关没有依法发放的;
(十一)认为行政机关的其他具体行政行为侵犯其合法权益的。
