法律分析：与总公司签订劳动合同，应该以总公司为被申请人申请劳动仲裁，但可以将分公司列为第三人。
职工与总公司签订了劳动合同的，用人单位应是总公司，劳动者与总公司间存在劳动合同关系，如果发生劳动争议申请劳动仲裁的，应该以签订了劳动合同的用人单位（即总公司）作为被申请人。
如果与总公司签订了合同，但实际在分公司上班的，实际上属于由总公司安排到分公司工作，但这并不会影响到职工和总公司间的劳动合同关系。但因分公司可能与本案的处理有一定的利害关系，故职工在申请劳动仲裁时，也可以将分公司列为第三人。
《劳动争议调解仲裁法》
第二十二条发生劳动争议的劳动者和用人单位为劳动争议仲裁案件的双方当事人。
劳务派遣单位或者用工单位与劳动者发生劳动争议的，劳务派遣单位和用工单位为共同当事人。
第二十三条与劳动争议案件的处理结果有利害关系的第三人，可以申请参加仲裁活动或者由劳动争议仲裁委员会通知其参加仲裁活动。
法律依据：《劳动争议调解仲裁法》
第二十二条发生劳动争议的劳动者和用人单位为劳动争议仲裁案件的双方当事人。
劳务派遣单位或者用工单位与劳动者发生劳动争议的，劳务派遣单位和用工单位为共同当事人。
第二十三条与劳动争议案件的处理结果有利害关系的第三人，可以申请参加仲裁活动或者由劳动争议仲裁委员会通知其参加仲裁活动。
