法律分析：一、公司签订的内部协议合法吗
内部协议需要满足内容合法合理，双方公平、平等自愿、协商一致、诚实信用签署的协议才具有法律效力。
法律依据：《中华人民共和国劳动法》第十六条建立劳动关系，应当自用工之日起一个月内订立书面劳动合同。超过这个期限，员工可以追溯经济补偿金。
员工因放弃社保所签的协议无效。
《中华人民共和国社会保险法》第四条中华人民共和国境内的用人单位和个人依法缴纳社会保险费，有权查询缴费记录、个人权益记录，要求社会保险经办机构提供社会保险咨询等相关服务。
二、合同与协议的区别
所谓协议是指有关国家、政党、企业、事业单位、社会团体或者个人，在平等协商的基础上订立的一种具有政治、经济或其他关系的契约。协议，在其所表示的意义、作用、格式、形式等方面基本上与合同是相同的。经济合同和以经济为内容的协议，都可以称为契约，两者都是确立当事人双方法律关系的法律文书。
合同与协议虽然有其共同之处，但两者也有其明显区别。合同的特点是明确、详细、具体，并规定有违约责任；而协议的特点是没有具体标的、简单、概括、原则，不涉及违约责任。从其区别角度来说，协议是签订合同的基础，合同又是协议的具体化。
合同与协议是两个既有共同点又有区别的概念，不能只从名称上来区分，而应该根据其实质内容来确定。如果协议的内容写得比较明确、具体、详细、齐全，并涉及到违约责任，即使其名称写的是协议，也是合同；如果合同的内容写得比较概括、原则、很不具体，也不涉及违约责任，即使其名称写的是合同，也不能称其为合同，而是协议。
三、协议的特征
（一）协议中的每个人都必须了解协议，并且预先知道所要完成的所有的步骤。
（二）协议中的每个人都必须同意并遵循它。
（三）协议必须是清楚的，每一步必须明确定义，并且不会引起误解。
法律依据：《中华人民共和国劳动法》第十六条建立劳动关系，应当自用工之日起一个月内订立书面劳动合同。超过这个期限，员工可以追溯经济补偿金。
员工因放弃社保所签的协议无效。
《中华人民共和国社会保险法》第四条中华人民共和国境内的用人单位和个人依法缴纳社会保险费，有权查询缴费记录、个人权益记录，要求社会保险经办机构提供社会保险咨询等相关服务。
