(一)认定小产权房买卖合同无效的理由
1、农村集体所有土地的使用权不得流转。
《土地管理法》第六十三条：“农民集体所有的土地使用权不得出让、转让或者出租用于非农业建设；但是，符合土地利用总体规划并依法取得建设用地的企业，因破产、兼并等情形致使土地使用权依法发生转移的除外。”我国房地产管理法规章，房屋的所有权和该房屋占用范围内的土地使用权同时转让、抵押。也就是说我国对于房屋的转让实行的是房地一体主义，这是我国房地产交易中普遍遵循的法理。基于房地一体主义，小产权房的买卖必然会导致房屋所占用土地的使用权发生转移，而这与《中华人民共和国土地管理法》的规章是相违背的，违反法律、行政法规的强制性规章的，合同无效。所以小产权房买卖合同因为违反法律的强制性规章而无效。
2、农村使用权的取得有着严格的身份限制小产权房中有一部分是农户在自家宅基地上建房出卖，这自然就出现了宅基地使用权可否转让的问题。宅基地使用权是指农民以户为单位利用集体所有的土地，在规章的地点享有建筑用房、添置生活设施、在庭院种植树木、永久居住的权利。 宅基地使用权的主体是该集体经济组织的成员，这是一个严格的身份限制，是基于集体经济组织成员的身份而享有的权利，而城镇居民显然不具备集体经济组织成员的身份，也就不能取得宅基地使用权，小产权房买卖合同因为标的无法履行而无效。
(二)认定小产权房买卖合同有效的理由
1、认定合同是否有效，应当以《中华人民共和国民法典》中规章的合同有效要件为标准，符合合同有效要件的合同有效，否则无效。小产权房买卖合同归根结底是合同，要遵守《民法典》的规章，只要符合合同的构成要件且不违反禁止性规章，就应当认定合同有效。根据《民法典》的规章，当事人订立合同应当有民事行为能力；意思自治；且不违反法律、行政法规的强制性规章和社会的公序良俗。民法典实施后，人民法院确认合同无效，应当以全国人大及其常委会制定的法律和国务院制定的行政法规为依据，不得以地方性法规、行政规章为依据。而现行的法律和行政法规没有一部明确对小产权房做出禁止性规章，无论是国务院下发的通知、决定，还是国土资源部下发的意见，都不是法律也不是行政法规。所以只要当事人具有民事行为能力且意思自治，小产权房买卖合同就应当被认定为有效。
2、小产权房买卖合同不违反禁止性规章。有下列情形之一的，合同无效：一方以欺诈、胁迫的手段订立合同，损害国家利益；恶意串通，损害国家、集体或第三人利益；以合法形式掩盖非法目的；损害社会公共利益；违反法律、行政法规的强制性规章。对于小产权房买卖来说，双方订立合同处分自己的财产，不存在恶意串通或胁迫订立合同的问题，即使有一方隐瞒了真实情况，实施了欺诈行为，也只是损害了另一方的利益，而没有损害国家利益。小产权房的买卖同样也不会损害集体和第三人的利益，基于一户一宅的规章，房屋卖出后，不能再申请宅基地，所以不会对集体和第三人的利益构成危害，现今的农民在宅基地上通常是建楼房，除了自己居住的一两套房屋外，还留有多套空闲房屋，将这些空闲房屋出卖给第三人，并不会使农民失去其赖以居住的土地，相反的小产权房的建设和买卖增加了农民的收入。小产权房的买卖双方一方是寻求自身经济的增长，另一方是为了满足自身住房的需求，这些目的不能算是非法。至于损害社会公共利益更是无从谈起，除非小产权房对社会公益设施构成威胁或侵害了不特定多数人的利益。至于该条的第五款，前面已叙述过，没有任何一部现行的法律、行政法规对小产权房做出禁止性规章。
《民法典》第一百四十六条 【虚假表示与隐藏行为的效力】行为人与相对人以虚假的意思表示实施的民事法律行为无效。
以虚假的意思表示隐藏的民事法律行为的效力，依照有关法律规章处置。
第一百四十七条 【基于重大误解实施的民事法律行为的效力】基于重大误解实施的民事法律行为，行为人有权请求人民法院或者仲裁机构予以撤销。
第一百四十八条 【以欺诈手段实施的民事法律行为的效力】一方以欺诈手段，使对方在违背真实意思的情况下实施的民事法律行为，受欺诈方有权请求人民法院或者仲裁机构予以撤销。
第一百四十九条 【受第三人欺诈的民事法律行为的效力】第三人实施欺诈行为，使一方在违背真实意思的情况下实施的民事法律行为，对方知道或者应当知道该欺诈行为的，受欺诈方有权请求人民法院或者仲裁机构予以撤销。
第一百五十条 【以胁迫手段实施的民事法律行为的效力】一方或者第三人以胁迫手段，使对方在违背真实意思的情况下实施的民事法律行为，受胁迫方有权请求人民法院或者仲裁机构予以撤销。
