一、关于企业所得税
该企业如何缴纳企业所得税呢?根据《国家税务总局关于企业政策有哪些性搬迁或处置收入有关企业所得税处置问题的通知》(国税函〔2009〕118号)第二条的规章，只要企业符合以下两个条件，取得的搬迁补偿收入可不用在当年确认收入，视搬迁进展情况，可在规划搬迁次年起五年内确认收入：
1、因政府城市规划、基础设施建设等政策有哪些性原因搬迁。
2、有新的投入计划或立项报告。
此案中，由于企业提供了政府搬迁文件、搬迁协议、搬迁计划和重置固定资产的立项报告，根据上述文件，此项收入可不在当年计入应纳税所得额。很明显，企业当年多缴纳了企业所得税。
二、关于营业税
按照《国家税务总局关于土地使用者将土地使用权归还给土地所有者行为营业税问题的通知》(国税函〔2008〕277号)规章，纳税人将土地使用权归还给土地所有者时，只要出具县级(含)以上地方人民政府收回土地使用权的正式文件，无论支付征地补偿费的资金来源是否为政府财政资金，该行为均属于土地使用者将土地使用权归还给土地所有者的行为，不征收营业税。
《国家税务总局关于政府收回土地使用权及纳税人代垫拆迁补偿费有关营业税问题的通知》(国税函〔2009〕520号)又补充说，上述文件中关于县级以上(含)地方人民政府收回土地使用权的正式文件，包括县级以上(含)地方人民政府出具的收回土地使用权文件，以及土地管理部门报经县级以上(含)地方人民政府同意后由该土地管理部门出具的收回土地使用权文件。
三、关于土地增值税
《土地增值税条例》第八条规章，因国家建设需要依法征用、收回的房地产免征土地增值税。《土地增值税暂行条例实施细则》第十一条规章，条例第八条(二)项所称的因国家建设需要依法征用、收回的房地产，是指因城市实施规划、国家建设的需要而被政府批准征用的房产或收回的土地使用权。根据相关文件精神，在确定搬迁收入的土地增值税征免时，需要确定两个条件。
一是是否因城市实施规划、国家建设的需要而被政府批准企业征用;二是如属于“城市实施规划”而搬迁，还需要确定是否因旧城改造或因企业污染、扰民(指产生过量废气、废水、废渣和噪音，使城市居民生活受到一定危害)，而由政府或政府有关主管部门根据已审批通过的城市规划确定进行搬迁。
