一、概念区分
耕地占用税:是在全国范围内对占用农用耕地建房或从事其它非农业建设的单位和个人，按照规定税额一次性征收的一种税。
城镇土地使用税(简称土地使用税)是对在城市和县城占用国家和集体土地的单位和个人，按使用土地面积定额征收的一种税。
二、性质及形式之分
1、性质不同：前者带有调节土地级差收益的性质，着重调节因地理交通位置不同而形成的土地级差收入，使各种不同纳税人的收入水平大体均衡。后者带有行为税的性质，着重调节占用耕地的行为。
2、税款征收形式不同：前者是对使用国家所有土地年年连续的征收。而后者是在发生占用耕地行为时一次征收，以后不再征收。
3、税率设计形式不同：前者按城市大小来规定差别税率，大城市最高，中等城市次之，小城市及县城最低。后者以县为单位，人均耕地小的地区税率高，反之税率低。
三、征收环节范围及记账方法区分
1、征收环节
土地使用税以纳税人实际占用的土地面积为计税依据，依照规定税额计算征收。
土地使用税按年征收
耕地占用税以纳税人实际占用的耕地面积为计税依据，按照规定的适用税额一次性征收。
2、记帐方法
土地使用税记入“管理费用”
耕地占用税记入“无形资产—土地”或先记入“在建工程”，工程完工记入“固定资产—房屋”
3、征税范围
前者主要包括城镇范围内使用的一切属于国家和集体所有的土地，而不论是否为农用耕地。后者包括全国范围内建房及其它非农用建设占用的农用耕地。
