法律分析：一、协议赔偿金超过时间怎么办
1、按协议办事，不履行协议，可起诉，同时在诉讼中可以跟对方索要违约金。
2、法律规定：《民法典》
第五百八十五条【违约金】当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。
约定的违约金低于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以增加；约定的违约金过分高于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以适当减少。
当事人就迟延履行约定违约金的，违约方支付违约金后，还应当履行债务。
二、赔偿违约金如何约定
1、当事人在合同中明确约定违约金的数额或者计算方法，并且约定不违法，也无明显不合理的，则适用合同约定的违约金。但如果合同约定的违约金数额低于造成的损失的，当事人可以请求法院或者仲裁机构予以增加；如果约定违约金过分高于造成的损失，当事人可以请求法院或者仲裁机构予以适当减少。
2、法律法规对某一类合同的违约金有明确规定，并且不允许当事人自由约定的，无论当事人是否约定了违约金，都应适用法定违约金。
3、法律法规对某一类合同的违约金作了规定，但同时允许当事人自由约定违约金，如果当事人已经约定了违约金，则适用当事人的约定；如果当事人没有约定违约金，则适用法定违约金。如：根据最高人民法院的司法解释，对于逾期付款，如果当事人没有约定违约金，则按照中国人民银行规定的金融机构计收逾期贷款利息的标准计算违约金。此外，在司法实践中，如果当事人对于违约金的约定明显不合理(超过法定标准太多)，也可能会适用法定违约金。
法律依据：《民法典》
第五百八十五条【违约金】当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。
约定的违约金低于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以增加；约定的违约金过分高于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以适当减少。
当事人就迟延履行约定违约金的，违约方支付违约金后，还应当履行债务。
