法律分析：一、建筑工程司法鉴定费用的标准
1、法医、物证、声像资料类司法鉴定收费实行政府指导价或政府定价管理。
2、司法鉴定执行收费标准基准价，参考《司法鉴定收费项目和收费标准基准价》。
3、在《司法鉴定收费项目和收费标准基准价》以外的鉴定项目收费，由省级价格主管部门会同同级司法行政部门根据当地实际情况确定价格管理形式和管理权限。国务院价格主管部门另有规定的，从其规定。
4、涉及财产案件的司法鉴定收费，根据诉讼标的和鉴定标的两者中的较小值，按照标的额比例分段累计收取。
5、协商收费原则，《司法鉴定收费管理办法》第九条：“司法鉴定机构接受委托提供司法鉴定服务，应当与委托人签订《司法鉴定协议书》，并载明收费项目、收费标准、收费方式、收费金额、结算方式、争议解决办法等条款。”
【建设工程纠纷司法鉴定收费标准】建设工程纠纷案件中，常见的工程质量和工程造价司法鉴定收费，在《司法鉴定收费管理办法》均未作出规定。此类司法鉴定收费标准，依赖省级价格主管部门会同同级司法行政部门，根据当地实际情况确定价格管理相关规定。
法院入选名册资格控制、司法局登记注册公告行政许可、物价局的行政价格管理，最终对司法鉴定收费的控制，造成个别司法鉴定收费逐年增高，个别司法鉴定人员地位超越法院审判权力。
二、建筑工程司法鉴定费用规定
《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》(以下简称《证据规定》)第二十五条规定：“当事人申请鉴定，应当在举证期限内提出??对需要鉴定的事项负有举证责任的当事人，在人民法院指定的期限内无正当理由不提出鉴定申请或者不预交鉴定费用或者拒不提供相关材料，致使对案件争议的事实无法通过鉴定结论予以认定的，应当对该事实承担举证不能的法律后果。”
该规定表明，负有举证责任的当事人应当提出鉴定申请。司法鉴定依当事人申请启动。若负有举证责任的当事人不申请，则应当承担举证不能的法律后果。
然而，《安徽省高级人民法院关于规范全省房地产案件鉴定工作的若干意见》第十条规定：“当事人没有申请，有下列情形之一的，人民法院可依职权委托鉴定：(一)建筑物质量存在安全隐患，可能造成人身和财产安全危害，当事人对质量是否合格存在争议的;(二)建筑物未经验收合格交付使用，当事人对工程质量有争议的;(三)当事人恶意串通，故意低价转让国有资产，损害国家或公众利益的;(四)当事人违反国家法律、行政法规强制性规定，导致房地产合同无效的;(五)其他应当由人民法院依职权委托鉴定的。”
该规定表明，在当事人不申请的情况下，法院可以就涉及到安全隐患、损害国家或者公众利益等情形依职权进行鉴定。
显然，根据最高院的司法解释，鉴定只能依当事人申请启动，而根据安徽省高院的意见，则在当事人不申请启动鉴定的情形下，对一些特殊的情形，法院可以依职权启动司法鉴定。
不过，《民事诉讼法》第七十六条规定：“当事人可以就查明事实的专门性问题向人民法院申请鉴定。当事人申请鉴定的，由双方当事人协商确定具备资格的鉴定人;协商不成的，由人民法院指定。当事人未申请鉴定，人民法院对专门性问题认为需要鉴定的，应当委托具备资格的鉴定人进行鉴定。”
因此，关于司法鉴定是依当事人申请启动还是法院依职权启动问题已经有了明确的结论，即依当事人申请启动，当事人不申请，法院认为需要鉴定的，应当依职权启动。
但是，法院如果依职权启动，鉴定费应由哪一方当事人预先支付呢?是否会出现应当承担举证责任的当事人因不愿或者没有能力预先支付鉴定费而故意不申请，而留待法院依职权启动的情况呢?这些问题均需要最高院通过新的司法解释予以明确。笔者认为，如果解决了鉴定费由哪一方当事人预先支付的问题，则需要法院依职权启动的情形会大大降低，即司法解释中可以规定：涉及需要鉴定的，鉴定费用由案件当事人按同等比例预先支付，鉴定费用最终由责任方承担。
当一方当事人申请司法鉴定，法官通常会询问另一方当事人是否同意。若同意，则不存在司法鉴定是否准许的评判标准问题。但是，另一方当事人往往会反对司法鉴定。此时，法官则需要做出是否准许的决定，这就涉及到准许鉴定或者不准许鉴定的标准问题。虽然《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》(以下简称《司法解释》)规定：仅就有争议的事实予以鉴定，但是，何为有争议的事实?如何评判?实践中存在争议。需要特别说明的是，本文中的“是否准许鉴定的评判标准”仅限于从定性角度，诉讼请求可以成立的情况下的评判标准，若诉讼请求从定性角度本身不能成立，则也谈不上准许司法鉴定的评判标准问题。
当事人诉讼请求中要求给付工程款对应的工程造价是否已经确定，确定了则无需鉴定，不确定则因存有争议而需要鉴定。
而确定与否，关键看当事人是否提供了合法有效经过质证可以作为认定事实依据的证据。如：是否有已完工程造价或者结算造价的书面证据?若有，且有双方有权代表的签字确认，则工程造价已经确定，无需鉴定;如果通过社会审价，是否有审价报告之证据?如有，且双方当事人以及造价咨询单位已经在审价报告中的审定单上签字盖章，则工程造价也已确定，无需鉴定;遇到合同双方当事人约定逾期不结算视为认可结算的情形的，如发生了约定的情形，且有合法有效的证据予以证明，则工程结算造价已经确定，无需鉴定。
此外，关于固定价合同，有些法官认为根据《司法解释》，固定价合同不予鉴定。事实上，固定价合同分为固定单价合同与固定总价合同，而两者最根本的区别就在于工程量是否可以调整、是否按实计算，前者可以调整，后者不可调整。显然，固定总价合同，固定总价的部分不予鉴定，但是，固定单价合同，因为工程量可以调整或者说按实际发生的工程量计算，那么如果双方对工程量存有争议，则需通过司法鉴定予以认定。此外，就是固定总价合同，在实际履行过程中还会发生一些变更、签证以及索赔，而就该部分而言，双方当事人就其造价往往也不能达成一致意见，即存有争议，故即使是固定总价合同，该部分也需要通过鉴定来认定。

法律依据：《司法鉴定收费管理办法》第九条司法鉴定机构接受委托提供司法鉴定服务，应当与委托人签订《司法鉴定协议书》，并载明收费项目、收费标准、收费方式、收费金额、结算方式、争议解决办法等条款。