法律分析：一、停薪留职可以申请劳动仲裁吗
停薪留职期间与用人单位仍然保留劳动关系，如果在停薪留职期间发生劳动争议的，可以申请劳动仲裁。
《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》
第二条中华人民共和国境内的用人单位与劳动者发生的下列劳动争议，适用本法：
(一)因确认劳动关系发生的争议;
(二)因订立、履行、变更、解除和终止劳动合同发生的争议;
(三)因除名、辞退和辞职、离职发生的争议;
(四)因工作时间、休息休假、社会保险、福利、培训以及劳动保护发生的争议;
(五)因劳动报酬、工伤医疗费、经济补偿或者赔偿金等发生的争议;
(六)法律、法规规定的其他劳动争议。
第五条发生劳动争议，当事人不愿协商、协商不成或者达成和解协议后不履行的，可以向调解组织申请调解;不愿调解、调解不成或者达成调解协议后不履行的，可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁;对仲裁裁决不服的，除本法另有规定的外，可以向人民法院提起诉讼。
二、公司强制员工停薪留职怎么办
事实上，公司强迫员工停薪留职是一种变相苛扣的行为，在用人单位已经苛扣工资的情况下，劳动者可以先和用人单位协商，如果协商无法解决，则可以通过以下法律途径来解决：
1、向当地劳动保障监察机构投诉举报;
2、向当地劳动争议仲裁委员会申请仲裁，需要注意的是，要在劳动争议发生之日起一年内向劳动争议仲裁委员会提出书面申请;
3、通过诉讼途径解决。需要注意的是，绝大多数的劳动纠纷都需要先提起劳动仲裁，经劳动仲裁委员会仲裁后，才能到法院提取劳动诉讼的，否则不能直接到法院起诉。一般情况下，到法院起诉又分三种情况：
(1)针对劳动纠纷案件，经劳动仲裁后任何一方不服的，可以向法院提起诉讼;
(2)经仲裁后都服从，劳动仲裁裁决生效后，用人单位不执行的，劳动者可申请法院强制执行;
(3)属于劳务欠款类的可直接向法院提起民事诉讼。
法律依据：《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二条
中华人民共和国境内的用人单位与劳动者发生的下列劳动争议，适用本法：
(一)因确认劳动关系发生的争议;
(二)因订立、履行、变更、解除和终止劳动合同发生的争议;
(三)因除名、辞退和辞职、离职发生的争议;
(四)因工作时间、休息休假、社会保险、福利、培训以及劳动保护发生的争议;
(五)因劳动报酬、工伤医疗费、经济补偿或者赔偿金等发生的争议;
(六)法律、法规规定的其他劳动争议。
