法律分析：一、申请劳动仲裁乱扣费如何处理
首先可以向上级劳动监察部门投诉，或者向当地的纪检监察部门投诉，同时也可以通过人大投诉，又或者向投诉的劳动局上级机关申请复议，实在不行也可以以该劳动局为被告，向当地人民法院提起行政诉讼。申请劳动仲裁不需要交钱。劳动争议仲裁是不收费的，既是为了减轻申请劳动争议仲裁的劳动者的经济负担，同时保障劳动争议仲裁机构的工作经费，并且劳动仲裁委的经费由国家财政保障运作。但是劳动者败诉，自己的权益将不能得到支持。根据《劳动争议调解仲裁法》第一条规定为了公正及时解决劳动争议，保护当事人合法权益，促进劳动关系和谐稳定，制定本法。第五十三条规定，劳动争议仲裁不收费。劳动争议仲裁委员会的经费由财政予以保障。
二、劳动仲裁的两个特殊情况
1、劳动关系存续期间因拖欠劳动报酬发生争议的，劳动者申请仲裁不受仲裁时效期间的限制;但是，劳动关系终止的，应当自劳动关系终止之日起一年内提出。在诸多劳动争议中，劳动关系的终止时间对案件能否进入实体审理起到了重要作用。因此无论是用人单位还是劳动者在应当劳动争议时，在劳动关系的终止证据或质证观点上一定要有相应的准备。
2、劳动仲裁委员会原则上不应当主动审核劳动仲裁时效的问题。因为仲裁时效适用的是时效规则，且属于不告不理的程序性问题。在对方当事人未当庭提及仲裁时效的情况下，劳动仲裁委员会不应当主动审核该问题。但遗憾的是，仲裁实践中劳动仲裁委员会主动审核仲裁时效的情况并不少见，存在此种现象也不能完全归咎于某些劳动仲裁委员会司法尺度的不准确，还在于《劳动争议仲裁法》本身在条款布局上的不合理。关于劳动争议仲裁时效的问题被直接规定在了《劳动争议仲裁法》“第二节申请和受理”章节中，仲裁委员会便很容易将仲裁时效作为是否受理劳动争议仲裁的一个条件。
遇到劳动仲裁乱收费的情况应该及时的向上级部门投诉乱收费的工作人员。因为劳动仲裁是不需要收取任何费用的。申请劳动仲裁是有一定的时效的，应在时效内申请劳动仲裁，否则不予受理案件。
法律依据：《劳动争议调解仲裁法》第一条为了公正及时解决劳动争议，保护当事人合法权益，促进劳动关系和谐稳定，制定本法。第五十三条劳动争议仲裁不收费。劳动争议仲裁委员会的经费由财政予以保障。
