法律分析：一、医疗事故应该向哪个部门投诉
1、双方协商解决（对于民事赔偿部分，双方可以协商解决）
2、向当地卫生行政部门（卫生局）提出申请，由卫生行政部门帮助调解解决
3、向法院提起诉讼（可以直接就赔偿数额提起民事诉讼，如果对卫生行政机关的处理结果不服的，也可以提起卫生行政诉讼）
二、医疗纠纷处理的流程
发生医疗纠纷，首先可以医患双方进行协商调解，调解不成的，医患任何一方均可向主管卫生行政部门提出处理请求。调查研究后，卫生部门会给出处理意见，一般会再次协商调解。协商不成的，可以提起诉讼解决。
1、诉前准备工作。
医疗纠纷发生后，患方应第一时间和医务科联系、投诉，要求复印诊疗病历，并会同医方代表一起共同封存病历（包括诊治病历、住院病历、手术同意书、会诊讨论记录等所有资料），向医务科索要《医疗纠纷投诉表》回执。完成上述工作后，患方便可选择适用何种法律方式解决纠纷了。
2、诉讼。
提起诉讼后，法院会安排时间进行第一次开庭，该次开庭主要确认医患双方的诉讼主体资格、对双方提交的病历资料进行质证，经过质证的病历将在第一次开庭后由法院移交医疗事故鉴定委员会鉴定。所以在首次开庭这一阶段患方应把握好机会，认真仔细审查病历资料的真实性、规范性、完整性，尽可能将对自己不利的病历资料排除出有效证据之外。
3、医疗事故技术鉴定。
这是医疗纠纷处理程序中最重要的一环，它决定了整个医疗纠纷诉讼的大局。说白了，打医疗纠纷诉讼其实就是打医疗事故鉴定！患方应认真对待，向专家小组提交的《陈述书》内容应尽可能详细陈述医疗经过，同时着重指出医方的医疗行为存在哪些过失，违反何种诊疗规范。医鉴会的专家们其实也是各医院的主任医师、医学教授，他们对医院一方有着天性的维护，故患方在《陈述书》中应一针见血明了的指出医方存在的诊疗过错，不给专家小组回旋的余地；如果患方在《陈述书》中不能指出医方明显过错的话，专家们往往也会睁只眼闭只眼作出对患方不利的鉴定结论，这就象民事诉讼中不诉不理的原则。
4、赔偿款的确定。
医疗事故鉴定结果出来后，如认为构成医疗事故，患方可根据《医疗事故处理条例》确定赔偿款项，但要考虑到医方的诊疗行为和患者出现的损害后果之间存在多大的因果关系，来确定医方应承担的责任。如某患者被确诊为癌症晚期，死亡已是不可避免的事实，尽管医方的诊疗失误加速了患者的死亡，但如要求医方对患者的死亡负全部赔偿责任也是不合理的，法院也不会支持。所以患方应实事求是的分析医方过错程度来确定赔偿额，避免盲目索赔，导致自己承担过多的诉讼费用。
法律依据：《医疗事故处理条例》
第三十七条发生医疗事故争议，当事人申请卫生行政部门处理的，应当提出书面申请。申请书应当载明申请人的基本情况、有关事实、具体请求及理由等。
当事人自知道或者应当知道其身体健康受到损害之日起1年内，可以向卫生行政部门提出医疗事故争议处理申请。
第三十八条
发生医疗事故争议，当事人申请卫生行政部门处理的，由医疗机构所在地的县级人民政府卫生行政部门受理。医疗机构所在地是直辖市的，由医疗机构所在地的区、县人民政府卫生行政部门受理。
