法律分析:
因档案问题被单位克扣工资不合法。工资应按月支付给劳动者本人,不得克扣或者无故拖欠。被克扣工资的劳动者可向劳动监察大队举报;只有劳动者违反用人单位的规章制度,且用人单位已依法在规章制度中明确扣除工资的要求标准并已率先进行公开公示告知员工可视作合理,同时所扣工资必须少于劳动者当月工资的20%。
法律依据
《工资支付暂行规定》 第十六条
因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的,用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿,可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准,则按最低工资标准支付。
《劳动法》 第五十条
工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。