法律分析：一、员工手册与劳动合同冲突如何处理？
实践中，用人单位合法制定的《员工手册》等一些规章制度经常视为劳动合同的附件，在劳动合同中通常会约定“《员工手册》及其他规章制度是本合同不可分割的一部分……”等条款。但是劳动合同的效力往往大于员工手册的效力。
《最高人民法院关于审理劳动争议案件适用法律若干问题的解释(二)》第十六条规定：用人单位制定的内部规章制度与集体合同或者劳动合同约定的内容不一致，劳动者请求优先适用合同约定的，人民法院应予支持。
注意：
只要不违反法律限制性规定，劳动者就负有遵章守纪的义务。
用人单位和劳动者双方签订劳动合同确立劳动关系后，双方就存在一定意义上的附属关系，即劳动者需要服从企业的指挥、安排与监督。企业制定的《员工手册》等规章制度就是对劳动者行使管理权的一种方式，法律法规也赋予企业这种自主管理自主经营的权利。
然而，企业合法的规章制度虽然可以视为劳动合同的附件，但是它并不能变更或者代替合同中双方已经明确约定的内容。《员工手册》等规章制度只是对劳动合同中没有约定或者约定不具体不明确的内容起到一个补充作用。
根据《劳动合同法》的规定，劳动合同只有在双方当事人遵循“合法、公平、平等自愿、协商一致、诚实守信”的原则下签订才是合法有效的，规章制度只是企业单方面行使管理权的表现。由此，可以看出企业规章制度的地位应该比劳动合同低一些。
实践中，有些规章制度的内容经过几次修订后比劳动合同的约定更具合理性，遵照规章制度执行显使企业管理更加顺畅。此时，当《员工手册》等规章制度的内容与劳动合同内容有冲突或不一致时，如果用人单位需要劳动者遵照规章制度内容执行，应当先征得劳动者本人的同意。如果劳动者同意按照规章制度执行，也应当不要忘了协商变更劳动合同的内容，以免今后发生不必要的争议。
法律依据：《劳动合同法》第八十条规定：用人单位直接涉及劳动者切身利益的规章制度违反法律、法规规定的，由劳动行政部门责令改正，给予警告；给劳动者造成损害的，应当承担赔偿责任。《劳动合同法》第八十五条第（四）项规定：用人单位有下列情形之一的，由劳动行政部门责令限期支付劳动报酬、加班费或者经济补偿；劳动报酬低于当地最低工资标准的，应当支付其差额部分，逾期不支付的，责令用人单位按应付金额百分之五十以上百分之一百以下的标准向劳动者加付赔偿金：（四）解除或者终止劳动合同，未依照本法规定向劳动者支付经济补偿的。
