一、单位扣加班费合法吗
1、单位扣加班费不合法，这种行为属于克扣工资，如果被扣了加班费的，劳动者可以向劳动保障监察部门投诉，劳动保障行政部门会责令用人单位责令限期支付克扣的工资，限期不支付的，加付赔偿金。
2、法律依据：《劳动保障监察条例》第二十六条，用人单位有下列行为之一的，由劳动保障行政部门分别责令限期支付劳动者的工资报酬、劳动者工资低于当地最低工资标准的差额或者解除劳动合同的经济补偿；逾期不支付的，责令用人单位按照应付金额50%以上1倍以下的标准计算，向劳动者加付赔偿金：
(一)克扣或者无故拖欠劳动者工资报酬的；
(二)支付劳动者的工资低于当地最低工资标准的；
(三)解除劳动合同未依法给予劳动者经济补偿的。
二、单位拖欠工资如何赔偿
1、用人单位克扣或者无故拖欠劳动者工资的，除在规定的时间内全额支付劳动者工资报酬外，还需加发相当于工资报酬25%的经济补偿金。
2、“用人单位有下列情形之一的，由劳动行政部门责令限期支付劳动报酬、加班费或者解除、终止劳动合同的经济补偿；劳动报酬低于当地最低工资标准的，应当支付其差额部分；逾期不支付的，责令用人单位按应付金额50%以上100%以下的标准向劳动者加付赔偿金：
(1)未依照劳动合同的约定或者未依照本法规定支付劳动者劳动报酬的；
(2)低于当地最低工资标准支付劳动者工资的；
(3)安排加班不支付加班费的；
(4)解除、终止劳动合同，未依照本法规定向劳动者支付经济补偿的。”
3“用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。用人单位拖欠或者未足额支付劳动报酬的，人民法院应当依法发出支付令。
