法律分析：一、公务员免于刑事处罚后工资如何补发
《关于检察机关决定不起诉、免予起诉的原系国家职工的被告人羁押期间工资是否补发问题的答复》中明确指出：“检察机关决定免予起诉，是指被告人的行为已构成犯罪，但情节轻微，依照刑法的有关规定，不需要判处刑罚或免予刑罚。”因此，被告人原系国家职工的，其羁押期间的工资不应补发。依照以上规定可知，对免予起诉的被告人，其行为构成犯罪。为此，其羁押期间的工资不应补发。所以，你叔叔的理解是错误的，他的行为已经构成犯罪，只是因为情节轻微，才免予起诉，那么，其羁押期间的工资也不应补发。
二、处罚后相关问题的解决
被羁押期间减发和扣发的工资、奖金、津贴、补贴不予补发，并应按照行政处分对应确定执行工资等级。
国务院
《行政机关公务员处分条例》
第八条行政机关公务员在受处分期间不得晋升职务和级别，其中，受记过、记大过、降级、撤职处分的，不得晋升工资档次;受撤职处分的，应当按照规定降低级别。
第九条行政机关公务员受开除处分的，自处分决定生效之日起，解除其与单位的人事关系，不得再担任公务员职务。
行政机关公务员受开除以外的处分，在受处分期间有悔改表现，并且没有再发生违法违纪行为的，处分期满后，应当解除处分。解除处分后，晋升工资档次、级别和职务不再受原处分的影响。但是，解除降级、撤职处分的，不视为恢复原级别、原职务。
人事部
《关于国家机关、事业单位工作人员受行政刑事处罚工资处理意见的复函》
人函〔1999〕177号
三、国家机关和事业单位工作人员受行政、刑事处罚的工资处理问题
(三)被羁押人员的工资处理问题
国家机关和事业单位工作人员被羁押期间停发工资。公安、检察机关撤案或者检察机关决定不予以起诉以及检察机关虽决定起诉而法院宣判无罪的，按下列原则分别处理：犯罪嫌疑人未被劳动教养或治安拘留，原单位也未给予行政纪律处分的，由原单位补发其被羁押期间的工资、奖金、津贴、补贴;如未被劳动教养或治安拘留，原单位给予行政纪律处分的，其被羁押期间的工资问题按照被取保候审和监视居住的工资处理办法执行;如被劳动教养、治安拘留的，其被羁押期间减发和扣发的工资、奖金、津贴，补贴不予补发。法院决定免予追究刑事责任的，被羁押期间减发和扣发的工资、奖金、津贴、补贴也不予补发。
法律依据：《中华人民共和国刑法》第七十二条的规定，司法机关宣告缓刑的犯罪分子，缓刑期间参加劳动的，企业自主发给生活费;
《公务员处分条例》
第八条公务员在受处分期间不得晋升职务和级别，其中，受记过、记大过、降级、撤职处分的，不得晋升工资档次;受撤职处分的，应当按照规定降低级别。
第九条公务员受开除处分的，自处分决定生效之日起，解除其与单位的人事关系，不得再担任公务员职务。
