法律分析：一、公司如何证明不存在劳动关系
企业与员工不存在劳动关系，只能通过事实来证明，如果有证据不符合事实也是无效的。
(一)用人单位招用劳动者未订立书面劳动合同，但同时具备下列情形的，劳动关系成立。
1、用人单位和劳动者符合法律、法规规定的主体资格;
2、用人单位依法制定的各项劳动规章制度适用于劳动者，劳动者受用人单位的劳动管理，从事用人单位安排的有报酬的劳动;
3、劳动者提供的劳动是用人单位业务的组成部分。
(二)用人单位未与劳动者签订劳动合同，认定双方存在劳动关系时可参照下列凭证：
1、工资支付凭证或记录(职工工资发放花名册)、缴纳各项社会保险费的记录;
2、用人单位向劳动者发放的“工作证”、“服务证”等能够证明身份的证件;
3、劳动者填写的用人单位招工招聘“登记表”、“报名表”等招用记录;
4、考勤记录;
5、其他劳动者的证言等。
二、如何收集证据证明劳动关系
注：如无法搜集到下述第一种到第五种证据原件，可采取复印或拍照方式搜集。
1、搜集工资卡、工资存折、工资条或其它工资发放记录、职工花名册。(最好有单位盖章)
2、用人单位为劳动者缴纳各项社会保险费的记录。可以到社保局打印自己的各项社会保险费的记录。
3、搜集用人单位向劳动者发放的“工作证”、“服务证”、“上岗证”、“外派证”等能够证明职务职位身份的证件(最好有单位盖章)。
4、搜集劳动者填写的用人单位招工招聘“登记表”、“报名表”等招用记录。
5、搜集用人单位的考勤记录(考勤表、出勤卡等)。
6、同事的证言。
让同事出书面证言，但此类证据需注意的两点是，一是打官司时，出具证言的同事一般需要到庭作证；二是同事需要自己有证据证明自己与用人单位存在劳动关系，也就是说他需要有出具该证言的能力。
7、搜集载有劳动者名字的用人单位的各种文件。
比如用人单位下发的含有劳动者名字的各种通知、工作任务单、任命通知书、介绍信、签到表等书面资料。
8、搜集劳动者代表用人单位与其它实体或个人签订的文件等。
比如最为常见的代表公司签收快递，该快递单一般可以作为证明劳动关系的证据。
9、录音、录像、照片。
法律依据：《中华人民共和国劳动合同法》
第二条【适用范围】中华人民共和国境内的企业、个体经济组织、民办非企业单位等组织(以下称用人单位)与劳动者建立劳动关系，订立、履行、变更、解除或者终止劳动合同，适用本法。
国家机关、事业单位、社会团体和与其建立劳动关系的劳动者，订立、履行、变更、解除或者终止劳动合同，依照本法执行。
