立案监督的程序，是指法律规定的控告人和人民检察院对立案活动实施监督的方法和步骤。由于控告人和检察机关的地位和性质不同，所以，二者对立案监督的程序也不相同。
1.控告人的监督。控告人对立案活动的监督是通过申请复议来进行的。控告人对公安机关的不立案决定不服的，可以在收到《不予立案通知书》后7日内向原决定的公安机关申请复议。原决定的公安机关应当在收到复议申请后7日内作出决定，并书面通知控告人。控告人对人民检察院不立案的决定不服时，可以在收到不立案通知书后10日以内申请复议。对不立案的复议，由人民检察院控告检察部门办理应当根据事实和法律进行审查，并可以要求控告人、申诉人提供有关材料，认为需要侦查部门说明不立案理由的，应当及时将案件移送侦查监督部门办理。
2.人民检察院的监督。
(1)人民检察院对公安机关立案活动的监督。刑事诉讼法第111条规定：人民检察院认为公安机关对应当立案侦查的案件而不立案侦查的，或者被害人认为公安机关对应当立案侦查的案件而不立案侦查，向人民检察院提出的，人民检察院应当要求公安机关说明不立案的理由。人民检察院认为公安机关不立案的理由不能成立的，应当通知公安机关立案，公安机关接到通知后应当立案。具体而言，人民检察院对公安机关立案活动的监督应注意以下几点：人民检察院对公安机关立案活动的监督的材料来源有两方面：①通过人民检察院的各种业务活动发现公安机关有应当立案而不立案的情况;②通过被害人的申诉获得。被害人及其法定代理人、近亲属或者行政执法机关，认为公安机关对其控告或者移送的案件应当立案侦查而不立案侦查，或者当事人认为公安机关不应当立案而立案，向人民检察院提出的，人民检察院应当受理并进行审查。人民检察院控告检察部门对公安机关应当立案而不立案或者不应当立案而立案的控告、申诉，应当根据事实和法律进行审查，并可以要求控告人、申诉人提供有关材料，认为需要公安机关说明不立案或者立案理由的，应当及时将案件移送侦查监督部门办理。
人民检察院侦查监督部门经过调查、核实有关证据材料，认为需要公安机关说明不立案理由的，经检察长批准，应当要求公安机关书面说明不立案的理由。有证据证明公安机关可能存在违法动厢刑事手段插手民事、经济纠纷，或者利用立案事实报复陷害、敲诈勒索以及谋取其他非法利益等违法立案情形，尚未提请批准逮捕或者移送审查起诉的，经检察长批准，应当要求公安机关书面说明立案理由。
人民检察院要求公安机关说明不立案或者立案理由，应当制作要求说明不立案理由通知书或者要求说明立案理由通知书，及时送达公安机关，并告知公安机关在收到要求说明不立案理由通知书或者要求说明立案理由通知书后7日以内，书面说明不立案或者立案的情况、依据和理由，连同有关证据材料回复人民检察院。
公安机关说明不立案或者立案的理由后，人民检察院侦查监督部门应当进行审查，认为公安机关不立案或者立案理由不能成立的，经检察长或者检察委员会讨论决定，应当通知公安机关立案或者撤销案件。侦查监督部门认为公安机关不立案或者立案理由成立的，应当通知控告检察部门，由其在10日内将不立案或者立案的理由和根据告知被害人及其法定代理人、近亲属或者行政执法机关。
人民检察院通知公安机关立案或者撤销案件的，应当依法对执行情况进行监督。公安机关在收到通知立案书或者通知撤销案件书后超过15日不予立案或者既不提出复议、复核，也不撤销案件的，人民检察院应当发出纠正违法通知书予以纠正。公安机关仍不纠正的，报上一级人民检察院协商同级公安机关处理。公安机关立案后3个月内未侦查终结的，可以向公安机关发出立案监督案件催办函，要求公安机关及时向人民检察院反馈侦查工作进展情况。对于公安机关管辖的国家机关工作人员利用职务实施的重大犯罪案件，人民检察院通知公安机关立案，公安机关不予立案的，经省级以上人民检察院决定，人民检察院可以直接立案侦查。
对于公安机关认为人民检察院撤销案件通知有错误要求同级人民检察院复议的，人民检察院应当重新审查，在收到要求复议意见书和案卷材料后7日以内作出是否变更的决定，并通知公安机关。对于公安机关不接受人民检察院复议决定提请上一级人民检察院复核的，上级人民检察院应当在收到提请复核意见书和案卷材料后15日以内作出是否变更的决定，通知下级人民检察院和公安机关执行。上级人民检察院复核认为撤销案件通知有错误的，下级人民检察院应当立即纠正;下级人民检察院复核认为撤销案件通知正确的，应当作出复核决定并送达下级公安机关。
(2)人民检察院对人民检察院立案活动的监督。对于人民检察院直接受理的案件应否实行监督，如何实行监督，刑事诉讼法没有明确规定。但最高人民检察院《规则》第563条规定：人民检察院侦查监督部门发现本院侦查部门对应当立案侦查的案件不报请立案侦查或者对不应当立案侦查的案件进行立案侦查的，应当建议侦查部门报请立案侦查或者撤销案件;建议不被采纳的，应当报请检察长决定。
