公务员中的一级主任科员不是一个职务，而是公务员的一个职级。按照公务员法的规定，我国的公务员有两个序列，一是领导职务的序列;二是职级序列。职级是公务员的等级序列，是与领导职务并行的晋升通道，体现公务员的政治素质、业务能力、资历贡献，是确定工资、住房、医疗等待遇的重要依据，不具有领导职责。
目前公务员的职级序列有12个，其中作为副科级和正科级的职级序列有4个，从四级主任科员到一级主任科员。按照领导职务对应的最低职级，乡科级副职对应的最低职级是四级主任科员，三级主任科员是乡科级副职中的最高职级;乡科级正职对应的最低职级是二级主任科员，一级主任科员是乡科级正职中的最高职级。
从理论上来说，对于刚提拔为乡科级正职的人员，对应的职级就是二级主任科员，要晋升为一级主任科员，至少要在乡科级正职或是二级主任科员的岗位上任职满2年以上。但在乡科级正职或是二级主任科员的岗位任职满2年不一定能晋升为一级主任科员，除了任职年限以外，最主要还有一级主任科员设置的比例等。
按照职务职级并行管理规定的要求，县、乡镇机关一级至四级主任科员不超过机关综合管理类职位数量的60%，其中一级、二级主任科员不超过一级至四级主任科员总数的50%。越是比较小的机关，部分人能在退休前能晋升为一级主任科员，就算非常不错了。
其实要从一般的公务员，不断通过职级晋升，从二级科员到一级主任科员也就算到头了，但由于实行的职务与职级并行的方式，只要晋升的了领导职务，就会晋升职级，也有的人是先晋升了职级，再被选拔到领导职务岗位上，当然这种情形是比较少的。
一级主任科员，主要用于解决部分乡科级正职的待遇问题，比如担任乡科级正职的时间比较长的，无法提拔到副县处级领导岗位，可以为其晋升为一级主任科员;还有部分年龄比较大的乡科级干部，为了退居二线，让部分年轻干部充实乡科级领导班子，可以采用晋升一级主任科员的方式，拿着比乡科级正职更高的工资和福利待遇。
也有的地方一级主任科员，除了解决部分资深的乡科级正职或是副职领导干部的待遇问题以外，有的主要解决那些一直没有担任乡科级领导职务或是在乡科级单位担任中层干部的待遇问题，这些人由于领导职数的限制，大多数人无法晋升更高的领导职务，所以就可以考虑职级待遇，从二级主任科员晋升到一级主任科员。
领导职务与职级是确定公务员待遇的重要依据，公务员根据所任职级执行相应的工资标准，享受所在地区(部门)相应职务层次的住房、医疗、交通补贴、社会保险等待遇;担任领导职务且兼任职级的公务员，按照就高原则享受有关待遇。
按照这样的规定，一级主任科员工资待遇要高于没有兼任一级主任科员的乡科级正职领导干部，如果兼任了一级主任科员的乡科级正职，可以享受一级主任科员的工资待遇，也就是按照就高的原则享受待遇。但如果是没有担任乡科级正职领导职务的公务员，只担任一级主任科员的，不改变工作职位和领导指挥关系，不享受相应职务层次的政治待遇、工作待遇。
综上所述，一级主任科员不是一个职务，而是公务员的一个职级，由于乡科级正职对应的最低职级是二级主任科员，所以一级主任科员是乡科级正职中的最高职级。如果属于乡科级正职兼任的一级主任科员，享受一级主任科员的待遇，如果只担任一级主任科员的，除了享受相应的工资待遇以外，不再享受相应职务层次的政治待遇和工作待遇。
