法律分析：一、三方违约金超过5000有效吗
三方协议违约金超过5000不合理。
应届毕业生不履行三方协议的必须向用人单位支付违约金，最高金额不超过5000元，反之，企业不履行三方协议的应向毕业生交违约金，最高为5000元，超过这个数额无效。如果协议中约定了违约金，那么谁毁约谁就应该支付违约金，但是违约金过高的可以要求减少。如果协议中没有相关违约金的规定，便不需要支付违约金。因此，不想去协议约定的岗位，在毁约之后是否支付违约金，需要按照协议书约定处理。提前支付违约金不合理，这其实是保证金的变相收取。但关于5000元违约金的约定属合理的话，一旦违约，就要支付，具体情况如下：
1、如果协议中约定了违约金，那么谁毁约谁就应该支付违约金，但是违约金过高的可以要求减少；
2、如果协议中没有相关违约金的规定，便不需要支付违约金。因此，不想去协议约定的岗位，在毁约之后是否支付违约金，需要按照协议书约定处理。
另外，签订三方协议时将直接涉及切身利益，所以在签约时要注意以下几个方面：
1、大学生签三方协议首先要看填写的用人单位名称是否与单位的有效印鉴名称一致，如不一致，协议无效。在填写自己的专业名称时，要与学校教务处的专业名称一致，不能简写；
2、外企、合资企业、私企一般采用试用期，根据合同期的长度，可以从1-3个月不等，通常试用期为3个月，不得超过6个月。国家机关、高校、研究所一般采用见习期，通常为一年；
3、约定违约金时不宜过高，学生在协商中要力争将违约金降到最低，通常违约金不得超过5000元；
4、毕业生就业协议属“格式合同”，毕业生可将签约前达成的休假、住房、保险等福利待遇在备注栏中说明，如发生纠纷可以拿这个维护合法权利；
5、学生在签订协议时，要严格按照规定的步骤进行。
二、应届毕业生签订劳动合同应该注意哪些问题
1、劳动合同的必备条款
毕业生在与用人单位签订劳动合同之前，要知道一份劳动合同应当具备的基本内容：用人单位的名称、住所和法定代表人或者主要负责人;劳动者的姓名、住址和居民身份证或者其他有效身份证件号码;劳动合同期限;工作内容和工作地点;工作时间和休息休假;劳动报酬;社会保险;劳动保护、劳动条件和职业危害防护;法律、法规规定应当纳入劳动合同的其他事项。
2、签订书面的劳动合同
毕业生与用人单位建立劳动关系的时候，就应当订立书面劳动合同，千万不能简单地口头约定。劳动合同由用人单位与劳动者协商一致，并经用人单位与劳动者在劳动合同文本上签字或者盖章生效。劳动合同应当在建立劳动关系的1个月内订立;用人单位自用工之日起超过1个月不满1年未与劳动者订立书面劳动合同的，应当向劳动者每月支付两倍的工资;同时，视为用人单位与劳动者已订立无固定期限劳动合同。
3、无固定期限劳动合同不是“铁饭碗”
《劳动合同法》提出了“无固定期限劳动合同”，改变了以往一些单位一年一签的惯例。劳动者在该用人单位连续工作满10年的;连续订立二次固定期限劳动合同，续订劳动合同的;以及用人单位自用工起满1年不与劳动者订立书面劳动合同的，除劳动者本人不愿意之外，都应当订立无固定期限劳动合同。但是需要说明的是无固定期限劳动合同并非“铁饭碗”，也并不是每个人都适合长期合同，应届生应该根据自己的实际情况来考虑签约期限。
4、试用有时限有工资
虽然在试用期难免如履薄冰，毕业生也要保护好自己的权益。劳动合同法规定，用人单位不得在试用期内随意辞退劳动者。“劳动合同期限3个月以上不满1年的，试用期不得超过1个月;劳动合同期限1年以上不满3年的，试用期不得超过2个月;3年以上固定期限和无固定期限的劳动合同，试用期不得超过6个月。同一用人单位与同一劳动者只能约定一次试用期。”
劳动合同法规定“试用期的工资不得低于本单位相同岗位最低档工资或者劳动合同约定工资的百分之八十，并不得低于用人单位所在地的最低工资标准”。
三、三方协议的签署流程如下：
1.毕业生和用人单位在供需见面、双向选择的基础上确定用人意向，毕业生填写本人基本情况并签名。
2.在双方在场情况下填写协议内容，接收单位及主管部门填写基本情况并盖章或接收单位及人事代理部门签署意见并盖章。
3.毕业生拿协议书回所在系盖章，交院毕业生就业指导中心鉴暑意见并盖章(交签证费)，院毕业生就业指导中心将就业协议书送省教育主管部门签证、缴费并盖章。
4.院毕业生就业指导中心将协议书单位联和毕业生自存联返还单位和毕业生，编制就业计划，企业发放报到证。
法律依据：《民法典》第五百八十五条【违约金】当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。
约定的违约金低于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以增加;约定的违约金过分高于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以适当减少。
当事人就迟延履行约定违约金的，违约方支付违约金后，还应当履行债务。
