法律分析抵扣发票丢失的处理办法:1、使用专用发票抵扣联作记账凭证,其复印件留存备查;2、由开票方税局开具《丢失增值税专用发票已报税证明单》,再由收票方主管税务机关审核同意。法律依据《中华人民共和国发票管理办法》第二十七条开具发票的单位和个人应当建立发票使用登记制度,设置发票登记簿,并定期向主管税务机关报告发票使用情况。《中华人民共和国发票管理办法》第二十九条开具发票的单位和个人应当按照税务机关的规定存放和保管发票,不得擅自损毁。已经开具的发票存根联和发票登记簿,应当保存5年。保存期满,报经税务机关查验后销毁。