会的，个税系统能够查到个人领有两份工资。
个人所得税是调整征税机关与自然人（居民、非居民人）之间在个人所得税的征纳与管理过程中所发生的社会关系的法律规范的总称。个人所得税的纳税义务人，既包括居民纳税义务人，也包括非居民纳税义务人。居民纳税义务人负有完全纳税的义务，必须就其来源于中国境内、境外的全部所得缴纳个人所得税；而非居民纳税义务人仅就其来源于中国境内的所得，缴纳个人所得税。税务局查到两份工资，如果当事人的工资达到缴纳个税的标准，是需要缴纳个人所得税的。因解除劳动合同而取得一次性经济补偿收入，应按工资、薪金所得项目计征个人所得税。基本工资、奖金、津贴、补贴、年终加薪、加班工资，以及与员工任职或者受雇有关的其他支出。该笔奖金属于员工在贵单位任职受雇而取得，因此需按工资薪金代扣代缴个人所得税。
一个人是否会被税务查？
律师回答
摘要：个税系统能查到个人领有两份工资，个人所得税是调整征税机关与自然人之间的法律规范，居民和非居民纳税义务人需缴纳个人所得税，包括工资、奖金、津贴等各项收入。解除劳动合同取得的经济补偿收入也需缴纳个人所得税。
延伸阅读
税务查：如何避免个人被税务机关查税？
要避免个人被税务机关查税，有几个关键的策略可以采取。首先，确保自己的纳税记录完整准确，避免任何漏报或虚报的情况。其次，及时缴纳应纳税款，并遵守税法规定的各项义务。此外，保持良好的财务记录，包括收入、支出和资产的清晰记录，以便随时提供给税务机关核实。另外，了解税法的基本规定和适用规则，以便在纳税过程中做出正确的决策。最后，如有必要，寻求专业税务顾问的帮助，确保自己的纳税事务合规。遵循这些策略，可以最大程度地减少被税务机关查税的风险，并确保个人纳税的合法性和公正性。
要避免个人被税务机关查税，有几个关键的策略可以采取。首先，确保自己的纳税记录完整准确，避免任何漏报或虚报的情况。其次，及时缴纳应纳税款，并遵守税法规定的各项义务。此外，保持良好的财务记录，包括收入、支出和资产的清晰记录，以便随时提供给税务机关核实。另外，了解税法的基本规定和适用规则，以便在纳税过程中做出正确的决策。最后，如有必要，寻求专业税务顾问的帮助，确保自己的纳税事务合规。遵循这些策略，可以最大程度地减少被税务机关查税的风险，并确保个人纳税的合法性和公正性。
结语：个人所得税是个人与税务机关之间的法律规范，适用于居民和非居民纳税义务人。如果个税系统查到个人领有两份工资且达到缴税标准，需缴纳个人所得税。此外，解除劳动合同获得的经济补偿收入也应纳税。为避免税务机关查税，应确保纳税记录准确完整，及时缴纳税款，保持良好的财务记录，并了解税法规定。如有需要，可寻求专业税务顾问的帮助，确保纳税事务合规。
法律依据
《中华人民共和国个人所得税法》
第二条
下列各项个人所得，应当缴纳个人所得税：
（一）工资、薪金所得；
（二）劳务报酬所得；
（三）稿酬所得；
（四）特许权使用费所得；
（五）经营所得；
（六）利息、股息、红利所得；
（七）财产租赁所得；
（八）财产转让所得；
（九）偶然所得。
居民个人取得前款第一项至第四项所得（以下称综合所得），按纳税年度合并计算个人所得税；非居民个人取得前款第一项至第四项所得，按月或者按次分项计算个人所得税。纳税人取得前款第五项至第九项所得，依照本法规定分别计算个人所得税。
《中华人民共和国个人所得税法》第八条
有下列情形之一的，税务机关有权按照合理方法进行纳税调整：
（一）个人与其关联方之间的业务往来不符合独立交易原则而减少本人或者其关联方应纳税额，且无正当理由；
（二）居民个人控制的，或者居民个人和居民企业共同控制的设立在实际税负明显偏低的国家（地区）的企业，无合理经营需要，对应当归属于居民个人的利润不作分配或者减少分配；
（三）个人实施其他不具有合理商业目的的安排而获取不当税收利益。
税务机关依照前款规定作出纳税调整，需要补征税款的，应当补征税款，并依法加收利息。
第二条
下列各项个人所得，应当缴纳个人所得税：
（一）工资、薪金所得；
（二）劳务报酬所得；
（三）稿酬所得；
（四）特许权使用费所得；
（五）经营所得；
（六）利息、股息、红利所得；
（七）财产租赁所得；
（八）财产转让所得；
（九）偶然所得。
居民个人取得前款第一项至第四项所得（以下称综合所得），按纳税年度合并计算个人所得税；非居民个人取得前款第一项至第四项所得，按月或者按次分项计算个人所得税。纳税人取得前款第五项至第九项所得，依照本法规定分别计算个人所得税。
《中华人民共和国个人所得税法》第八条
有下列情形之一的，税务机关有权按照合理方法进行纳税调整：
（一）个人与其关联方之间的业务往来不符合独立交易原则而减少本人或者其关联方应纳税额，且无正当理由；
（二）居民个人控制的，或者居民个人和居民企业共同控制的设立在实际税负明显偏低的国家（地区）的企业，无合理经营需要，对应当归属于居民个人的利润不作分配或者减少分配；
（三）个人实施其他不具有合理商业目的的安排而获取不当税收利益。
税务机关依照前款规定作出纳税调整，需要补征税款的，应当补征税款，并依法加收利息。
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