法律分析：一、建设工程合同纠纷中挂靠纠纷是否受法律保护？
《建筑法》已对挂靠行为作出了禁止性规定。《建筑法》明确禁止挂靠行为，该法第二十六条明确规定禁止建筑施工企业超越本企业资质等级许可的业务范围或者以任何形式用其他建筑施工企业的名义承揽工程。禁止建筑施工企业以任何形式允许其他单位或者个人使用本企业的资质证书、营业执照，以本企业的名义承揽工程。
二、建筑工程合同无效的情况下工程款怎么处理？
1、已完成工程验收不合格的。
工程经验收不合格，建筑工程合同目的无法实现，发包人无义务再向承包人支付任何工程款，还可要回已支付工程款，且承包人（挂靠人）与被挂靠企业都要向业主方承担连带赔偿责任。
2、已完成工程最终验收合格的。
根据该解释规定，建设工程施工合同无效，但建设工程经竣工验收合格，承包人请求参照合同约定支付工程价款的，应予支持。因此，即使因挂靠行为导致总承包施工合同无效，承包人依然可要求发包人按照合同约定支付工程款。
三、如何认定挂靠行为？
（一）挂靠人通常以被挂靠人的名义参与招投标、与发包人签订建筑施工合同，挂靠人与被挂靠人之间没有产权联系，没有劳动关系，没有财务管理关系的；
（二）挂靠人在施工现场派驻的项目负责人、技术负责人、质量管理负责人、安全管理负责人中一人以上与被挂靠人没有订立劳动合同，或没有建立劳动工资或社会养老保险关系的；
（三）挂靠人承揽工程经营方式表现为自筹资金，自行组织施工，自主经营，自负盈亏。被挂靠人只收取管理费（包括为确保管理费收取为目的的出借账户），不参与工程施工、管理，不承担工程技术、质量和经济责任的；
（四）被挂靠人与发包人之间没有实质上工程款收付关系，均是以委托支付、代付等其他名义进行工程款支付，或者仅是过账转付关系的；
（五）施工合同约定由被挂靠人负责采购主要建筑材料、构配件及工程设备或租赁施工机械设备，实际并非由被挂靠人进行采购、租赁，或者被挂靠人不能提供有关采购、租赁合同及发票等证明，又不能进行合理解释并提供证据证明的；
（六）法律、行政法规规定的其他挂靠情形。
对于挂靠和内部承包，简单的说就是挂靠是建筑企业只拿钱不管事，一旦发生纠纷，往往会发生争议，争议的关键在于责任的承担，而内部承包则在于包管结合，既要拿钱，又要对其进行人财物的管理，而且还需承担责任，这就是当前大环境下，提倡内部承包的原因。
法律依据：《建筑法》明确禁止挂靠行为，该法第二十六条明确规定禁止建筑施工企业超越本企业资质等级许可的业务范围或者以任何形式用其他建筑施工企业的名义承揽工程。
