补充住房公积金制度是住房公积金制度的一种补充，两者的基本特征是相同的，都是一种长期的住房储金，用于职工的住房消费，属于职工个人所有;补充住房公积金属于非强制性缴纳的社会保障项目。企业根据自身的业绩和管理需要可以自主决定是否替员工缴纳补充住房公积金。
一、首先，住房公积金的缴存是强制的，而补充住房公积金的缴存是自愿的;
二、其次，从缴存范围来看，补充住房公积金的缴存范围在住房公积金缴存范围的基础上增加了限制，规定只有足额缴纳税款的企业和自收自支的事业单位及其所属职工可以参加补充住房公积金;
三、再次，住房公积金的缴存比例为单位、个人各7%，其缴存额有上下限的限制，而补充住房公积金单位和个人的缴存比例，分别在不大于各9%不小于各1%的范围内，由单位自行确定，其缴存额没有上下限限制。
一、对首次购买普通自住房，且有两个人及以上参与公积金贷款额度的借款家庭，每户家庭最高公积金贷款额度限额仍为60万元;若有补充住房公积金的，每户家庭最高公积金贷款额度限额仍为80万元;只有一个人贷款的家庭，最高公积金贷款额度限额仍为30万元;若有补充住房公积金的，最高公积金贷款额度限额仍为40万元。
二、对人均住房面积低于本市平均水平，再次贷款购买第二套普通自住房，且有两个人及以上参与贷款的借款家庭，每户家庭最高贷款限额为40万元;若有补充住房公积金的，每户家庭最高贷款限额为60万元;只有一个人贷款的家庭，最高贷款限额为20万元;若有补充住房公积金的，最高贷款限额为30万元。对投资投机性购房，从紧掌握住房公积金贷款政策。
三、首次购买普通自住房和人均住房面积低于本市平均水平购买第二套普通自住住房的，住房公积金贷款额度最低首付比例仍继续执行不低于所购房屋总价款的20%。
