法律分析：一、扣了全勤奖还要扣奖金合理吗
如果经公示的公司规章制度，严格公司的人事管理，有关于全勤奖及扣罚标准的，公司做法是合理的，但如果超过正常界限范围，公司做法是违法的。劳动者有下列情形之一的，用人单位可以解除劳动合同：(一)在试用期间被证明不符合录用条件的。(二)严重违反用人单位的规章制度的。(三)严重失职，营私舞弊，给用人单位造成重大损害的。(四)劳动者同时与其他用人单位建立劳动关系，对完成本单位的工作任务造成严重影响，或者经用人单位提出，拒不改正的。(五)因本法第二十六条第一款第一项规定的情形致使劳动合同无效的。(六)被依法追究刑事责任的。
二、迟到1分钟全勤奖全扣了，还要扣工资这样合理吗
迟到一般是没有全勤奖的，全勤奖的制度是企业自行规定的，这属于企业内部规章制度，是企业运营的权利。国家法律只是宏观控制，没有具体的劳动法规定企业全勤奖制度。
1、迟到三分钟有没有全勤奖，要看用人单位内部的规定制定如何规定的，劳动法并没有对全勤奖有规定，只是对工作时间跟法定节假日加班工资支付及法定放假时间有规定。
2、全勤奖是每个公司自己设立的，各个公司设立的要求及支付标准都不一样，属于公司内部的规章制度，公司的规章制度只要是合理的，不违背法律法规就是可以的。迟到扣不扣全勤奖，扣多少全勤奖，都以公司订立的考勤管理制度约定的来说。
法律依据：《中华人民共和国劳动合同法》第四条，用人单位应当依法建立和完善劳动规章制度，保障劳动者享有劳动权利、履行劳动义务。
《关于工资总额组成的规定》第四条，工资总额由下列六个部分组成：
（一）计时工资；
（二）计件工资；
（三）奖金；
（四）津贴和补贴；
（五）加班加点工资；
（六）特殊情况下支付的工资。
《工资支付暂行规定》第十五条，用人单位不得克扣劳动者工资。有下列情况之一的，用人单位可以代扣劳动者工资：
（一）用人单位代扣代缴的个人所得税；
（二）用人单位代扣代缴的应由劳动者个人负担的各项社会保险费用；
（三）法院判决、裁定中要求代扣的抚养费、赡养费；
（四）法律、法规规定可以从劳动者工资中扣除的其他费用。
