法律分析：一、保密协议能否约定违约金
1、应尽量避免将保密条款和竞业限制条款约定在劳动合同中，应另行签订保密协议和竞业限制协议；
2、合理设置保密协议的违约金数额，并明确约定违反保密协议需承担损害赔偿责任的范围，便于后期举证；
3、竞业限制协议中须明确约定经济补偿条款，且每月的经济补偿金额不低于劳动合同解除或者终止前十二个月平均工资的30%。
二、保密协议约定的违约金条款是否有效
按照《劳动合同法》第二十五条的规定，除了违反服务期约定、违反竞业限制这两种情形可以约定由劳动者承担违约金外，其他情形，用人单位不得与劳动者约定由劳动者承担违约金。在保密协议中约定劳动者违反保密义务时须承担违约金，司法实践中大量的劳动仲裁裁决、法院判决认为相关约定违反了上述强制性法律规定，相关约定无效。劳动者无须支付保密违约金。
然而，用人单位与劳动者签订的保密协议具有一定的独立性，并不严格依附于劳动合同存在，是否受《劳动合同法》的调整，在实务中存在争议。在济南市中级人民法院于2008年作出的（2006）济民三初字第179号民事判决中，法院认为，双方签订的保密协议系平等民事主体之间就技术保密事项签订的合同，应受合同法的调整。故支持了原告关于被告违反保密协议须支付违约金的诉讼请求。保密协议属于平等民事主体之间签订的协议，应受《合同法》的调整，《保密协议》中约定的违约金条款有效。
三、定金与违约金条款能否同时适用
定金与违约金条款不能同时适用，当事人只能选择其中一个适用，如果选择后赔偿金额不能弥补损失的，选择定金的可以请求赔偿超过定金数额的损失，选择违约金的可以请求人民法院或者仲裁机构予以增加。
《民法典》第五百八十八条规定，当事人既约定违约金，又约定定金的，一方违约时，对方可以选择适用违约金或者定金条款。定金不足以弥补一方违约造成的损失的，对方可以请求赔偿超过定金数额的损失。
第五百八十七条规定，债务人履行债务的，定金应当抵作价款或者收回。给付定金的一方不履行债务或者履行债务不符合约定，致使不能实现合同目的的，无权请求返还定金；收受定金的一方不履行债务或者履行债务不符合约定，致使不能实现合同目的的，应当双倍返还定金。
法律依据：《劳动合同法》第二十三条的规定，用人单位与劳动者可以在劳动合同中约定保守用人单位的商业秘密和与知识产权相关的保密事项。
对负有保密义务的劳动者，用人单位可以在劳动合同或者保密协议中与劳动者约定竞业限制条款，并约定在解除或者终止劳动合同后，在竞业限制期限内按月给予劳动者经济补偿。劳动者违反竞业限制约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金。
第二十五条规定，除本法第二十二条和第二十三条规定的情形外，用人单位不得与劳动者约定由劳动者承担违约金。
