法律分析：扣工资可以仲裁，扣工资属于侵害劳动者合法权益，劳动者可以通过法律手段维护自身利益。仲裁后用人单位可能要支付拖欠工资、补偿金，必要时还要支付赔偿金。公司扣工资申请仲裁时效为1年。
一、公司扣工资可以仲裁吗
公司扣工资可以仲裁，依据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二条中华人民共和国境内的用人单位与劳动者发生的下列劳动争议，适用本法：
1.因确认劳动关系发生的争议;
2.因订立、履行、变更、解除和终止劳动合同发生的争议;
3.因除名、辞退和辞职、离职发生的争议;
4.因工作时间、休息休假、社会保险、福利、培训以及劳动保护发生的争议;
5.因劳动报酬、工伤医疗费、经济补偿或者赔偿金等发生的争议;
6.法律、法规规定的其他劳动争议。
二、公司扣工资申请仲裁时效为多久
公司扣工资申请仲裁时效为一年。但是，在有些情况下，一年的时效期间还不能保护劳动者的合法权益。如在有的行业，尤其是建筑业，拖欠工资问题比较突出，工人的劳动报酬很多到年底才结算;还有些劳动者为了维持劳动关系，在劳动关系存续期间对用人一单位拖欠劳动报酬的行为不敢主张权利。如果都适用一年的仲裁期间，不利于保护他们的合法权益。因此劳动关系存续期间因拖欠劳动报酬发生争议的，劳动者申请仲裁不受本条第一款规定的仲裁时效期间的限制。
三、公司扣工资多少算违法
劳动者因本人原因给单位造成经济损失，用人单位依法要其赔偿，并需从工资中扣除赔偿费的，扣除的部分不得超过劳动者当月工资收入的20%，且扣除后的剩余工资不得低于最低工资标准。也就是说，这种扣减也是有一定限度的，一旦超过了最低工资标准这条底线，就属于“克扣工资”了。我国《劳动法》第二十五条规定，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资”，“按月支付”即包括工资应当以月薪的形式发放，也包括应当每月支付，因此用人单位应当在自然月结束的30天内结算工资，超过30天即构成拖欠工资。
法律依据：《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二条中华人民共和国境内的用人单位与劳动者发生的下列劳动争议，适用本法：
1.因确认劳动关系发生的争议;
2.因订立、履行、变更、解除和终止劳动合同发生的争议;
3.因除名、辞退和辞职、离职发生的争议;
4.因工作时间、休息休假、社会保险、福利、培训以及劳动保护发生的争议;
5.因劳动报酬、工伤医疗费、经济补偿或者赔偿金等发生的争议;
6.法律、法规规定的其他劳动争议。
