档案会随三方协议走。因为三方协议签订后，你的档案还是存在学校里面的档案，而且有的时候公司是不会接收你的档案的，现在大部分的企业里面都是不接受档案的，所以很多学校都是将你的档案寄回到你籍贯所在的地方，或者是你就业单位的人才市场中心进行存放的。
三方协议签了不代表档案会自动转去公司，三方协议上面有填写档案的去留地方，如果公司有档案保存权，则可以填写转到公司，；否则如公司没有档案保存权，则可以和公司协商转去公司所在地的人才市场，公司可以帮忙办理人事代理；如实在不想转去单位也可以打回原籍自行处理。所以档案是否转去公司主要由公司是否有档案保存权决定的，当然如公司不能保存档案，就由本人自己处理。
法律依据：
《中华人民共和国档案法》
第四条
档案工作实行统一领导、分级管理的原则，维护档案完整与安全，便于社会各方面的利用。
第五条
一切国家机关、武装力量、政党、团体、企业事业单位和公民都有保护档案的义务，享有依法利用档案的权利。
《中华人民共和国档案法》
第八条：国家档案主管部门主管全国的档案工作，负责全国档案事业的统筹规划和组织协调，建立统一制度，实行监督和指导。县级以上地方档案主管部门主管本行政区域内的档案工作，对本行政区域内机关、团体、企业事业单位和其他组织的档案工作实行监督和指导。
乡镇人民政府应当指定人员负责管理本机关的档案，并对所属单位、基层群众性自治组织等的档案工作实行监督和指导。
