一、公司以员工怀孕为由克扣工资怎么办
1、公司以员工怀孕为由克扣工资可以要求公司赔偿。孕妇的正常出生检查均受国家法律保护，工资不应被克扣。如仍被用人单位扣款，属于违反国务院相关规定，可到相关劳动行政部门反映投诉。
2、法律依据：《女职工劳动保护特别规定》第六条，女职工在孕期不能适应原劳动的，用人单位应当根据医疗机构的证明，予以减轻劳动量或者安排其他能够适应的劳动。对怀孕7个月以上的女职工，用人单位不得延长劳动时间或者安排夜班劳动，并应当在劳动时间内安排一定的休息时间。怀孕女职工在劳动时间内进行产前检查，所需时间计入劳动时间。
二、单位克扣工资经济补偿金员工是否可以申请
可以的。
“用人单位有下列侵害劳动者合法权益情形之一的，由劳动行政部门责令其支付劳动者的工资报酬、经济补偿，并可以责令其支付赔偿金：
（1）克扣或者无故拖欠劳动者工资的；
（2）拒不支付劳动者延长工作时间工资报酬的；
（3）低于当地最低工资标准支付劳动者工资的；
（4）解除劳动合同后，未依照本法规定给予劳动者经济补偿的。”
可以看出，用人单位克扣职工工资，要支付拖欠工资、补偿金(25%拖欠工资额)，必要时还要支付赔偿金(但要以造成实际损害为前提)。
公司是否有权以员工怀孕为由克扣工资？
律师回答
摘要：公司以员工怀孕为由克扣工资属于违法行为，员工可要求公司赔偿。根据《女职工劳动保护特别规定》，孕妇有权减轻劳动量或安排适应的工作，且产前检查时间应计入工作时间。单位克扣工资还应支付拖欠工资、经济补偿金（25%拖欠工资额），必要时还需支付赔偿金（需有实际损害）。员工可向劳动行政部门投诉。单位克扣工资经济补偿金后，员工有权申请支付。
延伸阅读
结语：公司以员工怀孕为由克扣工资是违法行为，员工可以要求公司赔偿。根据《女职工劳动保护特别规定》第六条，孕期女职工有权减轻劳动量或安排适应的劳动，并享有产前检查的时间。如果公司仍扣款，可向劳动行政部门投诉。此外，单位克扣工资经济补偿金也可申请，根据相关法律规定，用人单位需支付拖欠工资、经济补偿金，并在造成实际损害的情况下支付赔偿金。请注意维护自身权益，合法维权。
法律依据
中华人民共和国劳动合同法（2012修正）：第七章 法律责任 第八十五条 【未依法支付劳动报酬、经济补偿等的法律责任】用人单位有下列情形之一的，由劳动行政部门责令限期支付劳动报酬、加班费或者经济补偿；劳动报酬低于当地最低工资标准的，应当支付其差额部分；逾期不支付的，责令用人单位按应付金额百分之五十以上百分之一百以下的标准向劳动者加付赔偿金：
（一）未按照劳动合同的约定或者国家规定及时足额支付劳动者劳动报酬的；
（二）低于当地最低工资标准支付劳动者工资的；
（三）安排加班不支付加班费的；
（四）解除或者终止劳动合同，未依照本法规定向劳动者支付经济补偿的。
中华人民共和国劳动合同法（2012修正）：第七章 法律责任 第八十二条 【不订立书面劳动合同的法律责任】用人单位自用工之日起超过一个月不满一年未与劳动者订立书面劳动合同的，应当向劳动者每月支付二倍的工资。
用人单位违反本法规定不与劳动者订立无固定期限劳动合同的，自应当订立无固定期限劳动合同之日起向劳动者每月支付二倍的工资。
中华人民共和国劳动合同法（2012修正）：第四章 劳动合同的解除和终止 第五十条 【劳动合同解除或者终止后双方的义务】用人单位应当在解除或者终止劳动合同时出具解除或者终止劳动合同的证明，并在十五日内为劳动者办理档案和社会保险关系转移手续。
劳动者应当按照双方约定，办理工作交接。用人单位依照本法有关规定应当向劳动者支付经济补偿的，在办结工作交接时支付。
用人单位对已经解除或者终止的劳动合同的文本，至少保存二年备查。
（一）未按照劳动合同的约定或者国家规定及时足额支付劳动者劳动报酬的；
（二）低于当地最低工资标准支付劳动者工资的；
（三）安排加班不支付加班费的；
（四）解除或者终止劳动合同，未依照本法规定向劳动者支付经济补偿的。
中华人民共和国劳动合同法（2012修正）：第七章 法律责任 第八十二条 【不订立书面劳动合同的法律责任】用人单位自用工之日起超过一个月不满一年未与劳动者订立书面劳动合同的，应当向劳动者每月支付二倍的工资。
用人单位违反本法规定不与劳动者订立无固定期限劳动合同的，自应当订立无固定期限劳动合同之日起向劳动者每月支付二倍的工资。
中华人民共和国劳动合同法（2012修正）：第四章 劳动合同的解除和终止 第五十条 【劳动合同解除或者终止后双方的义务】用人单位应当在解除或者终止劳动合同时出具解除或者终止劳动合同的证明，并在十五日内为劳动者办理档案和社会保险关系转移手续。
劳动者应当按照双方约定，办理工作交接。用人单位依照本法有关规定应当向劳动者支付经济补偿的，在办结工作交接时支付。
用人单位对已经解除或者终止的劳动合同的文本，至少保存二年备查。
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