一、缴费可选险种不同
在职员工由单位和个人共同缴费，可以交城镇职工养老保险、城镇职工医疗保险(含生育保险)、城镇职工失业保险、城镇职工工伤保险。
灵活就业人员只能交城镇职工养老保险、城镇职工医疗保险，不能交生育保险、工伤保险，极少数省市可以交失业保险。
二、最大区别：缴费比例不同
城镇职工养老保险，在职职工缴费比例8%，灵活就业缴费比例20%，同样缴费基数4000元，一个只需要交320元，全部进入个人账户，另一个交800元，其中320元进入个人账户，剩下480元进入统筹账户;
城镇职工医疗保险;在职人员缴费比例2%，灵活就业缴费比例不同省市有不同，一般5.6%-11%，缴费基数4000元，在职人员月扣80元;灵活就业人员月扣4000乘9%=360元
三、生育待遇不同
在职人员有生育保险，可以由生育津贴，可以领几个月上年度平均工资，可以休产假，假定休6个月，每个月津贴4000元，可以领取生育津贴24000元，不上班还有工资，而且生孩子产检和分娩费用，可以报销80%-95%。
灵活就业人员，不能交生育保险，肯定没有生育津贴。少数省份灵活就业医保可以报销产检和分娩费用，绝大多数省份是没有生育费用报销的。如果灵活就业人员丈夫交了生育保险，丈夫可以申请一次性生育补助，有2000左右。
