公司辞退员工的时候只按底薪计算工资的行为是不合法的，特别是职工本人除底薪以外，如果还有绩效工资的话，那公司应该按照员工的实际工资所得一次性结清所有的工资，除此之外，非法辞退员工的补偿金也不是只按底薪计算的。
辞退员工只按底薪算工资的行为是不合法的，如果有绩效工资的话需要结清所有的工资。《工资支付暂行规定》:第九条 劳动关系双方依法解除或终止劳动合同时，用人单位应在解除或终止劳动合同时一次付清劳动者工资。用人单位在辞退员工时，要根据员工工作年限支付经济补偿。
《劳动合同法》第四十七条规定，劳动合同解除或终止后，用人单位应当按照劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付经济补偿。六个月以上不满一年的，按一年计算;不满六个月的，支付半个月工资的经济补偿。
月工资是指劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资。
二、公司可以辞退职工的情形
1、《劳动合同法》第39条，员工有下列情形之一的，用人单位可以随时解除劳动合同:
(一)在试用期内被证明不符合录用条件;
(二)严重违反劳动纪律或者用人单位规章制度;
(三)严重失职，营私舞弊，对用人单位利益造成重大损害;
(四)被依法追究刑事责任。
2、《劳动合同法》第26条，有下列情形之一的，用人单位可以解除劳动合同，但是应当提前30日以书面形式通知员工本人:
(一)员工患病或者非因工负伤，医疗期满后，不能从事原工作也不能从事由用人单位另行安排的工作;
(二)员工不能胜任工作，经过培训或者调整工作岗位，仍不能胜任工作;
(三)劳动合同订立时所依据的客观情况发生重大变化，致使原劳动合同无法履行，经当事人协商不能就变更劳动合同达成协议。但用人单位未提前30日通知员工的，应当支付该员工当年一个月月平均工资的补偿金。
总之，在被公司辞退的时候，如果公司发的工资跟自己的实际所得有差别的话，职工必须要跟公司索要自己的合法所得。而且，在被非法辞退的情况下也不是说用人单位只结算一部分工资就行了，还应该跟用人单位要赔偿金。
