法律分析：医院不承认绩效，处理方法如下：
1、医院无故拖欠绩效工资的，劳动者可以先与医院直属领导进行协商；
2、如果双方协商不成或者达成和解协议后不履行的，劳动者可以向调解组织申请调解；
3、如果医院不愿调解、调解不成或者达成调解协议后不履行，劳动者可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，对仲裁裁决不服的，可以向人民法院提起诉讼。
工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。拖欠工资可以投诉到当地劳动执法监察大队，责令其支付拖欠的工资。用人单位拖欠或者未足额支付劳动报酬的，劳动者可以依法向当地人民法院申请支付令，人民法院应当依法发出支付令。
4、法律依据：
《中华人民共和国劳动法》
第九十一条
用人单位有下列侵害劳动者合法权益情形之一的，由劳动行政部门责令支付劳动者的工资报酬、经济补偿，并可以责令支付赔偿金：
（一）克扣或者无故拖欠劳动者工资的；
（二）拒不支付劳动者延长工作时间工资报酬的；
（三）低于当地最低工资标准支付劳动者工资的；
（四）解除劳动合同后，未依照本法规定给予劳动者经济补偿的。
法律依据：《中华人民共和国劳动法》
第九十一条
用人单位有下列侵害劳动者合法权益情形之一的，由劳动行政部门责令支付劳动者的工资报酬、经济补偿，并可以责令支付赔偿金：
（一）克扣或者无故拖欠劳动者工资的；
（二）拒不支付劳动者延长工作时间工资报酬的；
（三）低于当地最低工资标准支付劳动者工资的；
（四）解除劳动合同后，未依照本法规定给予劳动者经济补偿的。
