法律分析：一、公司变相克扣员工工资该怎么办
是指用人单位无正当理由扣减劳动者应得工资。不包括以下减发工资的情况：
(1)国家的法律、法规中有明确规定的;
(2)依法签订的劳动合同中有明确规定的;
(3)用人单位依法制定并经职代会批准的厂规、厂纪中有明确规定的;
(4)企业工资总额与经济效益相联系，经济效益下浮时，工资必须下浮的(但支付给劳动者工资不得低于当地最低工资标准);
(5)因劳动者请事假等相应减发工资等。
根据劳动部《对〈工资支付暂行规定〉有关问题的补充规定》(劳部发[1995]226号)，“克扣”系指用人单位无正当理由扣减劳动者应得工资(即在劳动者已提供正常劳动前提下用人单位按劳动合同规定的标准应当支付给劳动者的全部劳动报酬。
二、提高业务指标属变相克扣工资吗
公司此举是否合法，要看其与劳动者签订的劳动合同内容是如何规定的。如果在合同中本来就有这种约定，或者公司提高绩效考核要求已经过劳动者本人的同意，则公司的做法无可挑剔;但如合同中没有类似约定，或事先未征得劳动者同意，则公司擅自提高工作要求的做法就是一种变相克扣员工工资的违约行为。从你反映的情况看，公司实然改变薪金发放政策显然对于绩效考核要求未经劳动者同意，属违约行为。对此，劳动法第五十条规定，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或无故拖欠劳动者的工资。第九十一条规定，用人单位克扣或者无故拖欠劳动者工资，侵害劳动者合法权益的，由劳动行政部门责令支付劳动者的工资报酬、经济补偿，并可以责令支付赔偿金。
原劳动部《违反行政处罚办法》第六条规定，用人单位克扣或者无故拖欠劳动者工资，侵害劳动者合法权益的，应责令支付劳动者工资报酬、经济补偿金，并可责令按相当于支付劳动者工资报酬、经济补偿金总和的一至五倍支付劳动者赔偿金。原劳动部《违反和解除劳动合同的经济补偿办法》第三条规定，用人单位克扣或者无故拖欠劳动者工资的，以及拒不支付劳动者延长工作时间工资报酬的，除在规定的时间内全额支付劳动者工资报酬外，还需加发相当于工资报酬百分之二十五的经济补偿金。据此，用人单位克扣或无故拖欠劳动者工资的，行政机关有权责令其支付工资报酬及经济补偿金、赔偿金，即惩罚性赔偿。因此，面对克扣拖欠劳动者工资的行为，劳动者有权向劳动部门举报。
三、单位克扣工资怎么办
1、原劳动部《违反和解除劳动合同的经济补偿办法》规定，用人单位克扣或者无故拖欠劳动者工资的，除在规定的时间内全额支付劳动者工资报酬外，还需加发相当于工资报酬25%的经济补偿金。
2、根据《劳动合同法》第八十五条规定：“用人单位有下列情形之一的，由劳动行政部门责令限期支付劳动报酬、加班费或者解除、终止劳动合同的经济补偿;劳动报酬低于当地最低工资标准的，应当支付其差额部分;逾期不支付的，责令用人单位按应付金额50%以上100%以下的标准向劳动者加付赔偿金。
3、根据《劳动合同法》第三十条规定：“用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。用人单位拖欠或者未足额支付劳动报酬的，人民法院应当依法发出支付令。
法律依据：《违反和解除劳动合同的经济补偿办法》
第一条，为了规范违反和解除劳动合同对劳动者的经济补偿标准，根据《中华人民共和国劳动法》的规定，制定本办法。
第二条，对劳动者的经济补偿金，由用人单位一次性发给。
第三条，用人单位克扣或者无故拖欠劳动者工资的，以及拒不支付劳动者延长工作时间工资报酬的，除在规定的时间内全额支付劳动者工资报酬外，还需加发相当于工资报酬百分之二十五的经济补偿金。
