1、员工首先应该与所在公司协商处理。凡是公司克扣员工工资的，克扣员工工资的公司应有说明克扣员工工资的正当理由，并且克扣行为应该有之所依据的相关的规章制度。至于这份规章制度，应该是已经经过事前公开公示过的，不然的话，公司就会被判定为属于无正当理由克扣员工工资，这就是一种无理的违法行为了。这种情况下，职工就可以要求所在公司支付员工应得的所有工资收入以及赔付相应的利息损失。
2、如果是协商不成的话，那么劳动者自己可以到当地的劳动监察大队投诉，要求协助处理解决。这种方法有一个优点就是方式简单，但是也存在本身的缺点，即是各地执法力度可能不是很大。
3、如果找到了当地的劳动监察局投诉无果、仍未解决的，接下来就可以当地劳动局(人力资源和社会保障局劳动争议仲裁委员会)递交申请，请求劳动仲裁机构来出面处理解决，要求公司支付工资。如果员工还没有和公司签订过劳动合同，此时可以要求公司支付未签订劳动合同的双倍工资。而如果是员工因为公司拖欠工资的情况提出了解除劳动关系，虽然无法获取双倍工资的补偿，却也是可以要求公司支付员工本身经济补偿金的。找劳动局处理问题的优点是员工除了可以获得应有的工资外，还可以争取到经济补偿、双倍工资等补偿金，并且一般都可以最终解决，然而这个方法也同样存在自身的缺点，即所谓的“申请劳动仲裁”简单来说就是打劳动官司，打官司的话一般来说都会存在程序稍多的情况，并且需要专业人士指导。
4、如果劳动仲裁生效，这个时候，公司还是依然拒绝执行并拒绝支付员工工资的，员工便可以再一次向劳动仲裁机构申请，请求法院强制公司执行员工工资的全额支付。
公司克扣员工工资该怎么办？
律师回答
摘要：如何处理公司克扣工资的问题？协商解决是首选，要求公司提供正当理由和相关规章制度。若协商不成，可向劳动监察大队投诉。若投诉无果，可向劳动局递交申请，请求劳动仲裁机构处理。若仲裁生效但公司仍不支付工资，可再次向仲裁机构申请，请求法院强制执行。
延伸阅读
结语：员工在与公司协商无果后，可采取以下步骤解决工资纠纷：首先，要求公司提供克扣工资的合理理由，并确保公司的行为符合相关规章制度。如果公司无正当理由克扣工资，员工有权要求支付所有工资及利息损失。其次，若劳动监察投诉未果，可向劳动局递交申请，请求劳动仲裁机构介入解决，并要求公司支付工资。如果员工未签订劳动合同，可要求双倍工资；若因拖欠工资解除劳动关系，可要求经济补偿金。劳动仲裁机构一般能最终解决纠纷，但需注意程序繁琐，建议寻求专业指导。最后，如劳动仲裁生效后公司仍不履行义务，员工可再次申请法院强制支付工资。
法律依据
中华人民共和国劳动合同法（2012修正）：第四章 劳动合同的解除和终止 第四十八条 【违法解除或者终止劳动合同的法律后果】用人单位违反本法规定解除或者终止劳动合同，劳动者要求继续履行劳动合同的，用人单位应当继续履行；劳动者不要求继续履行劳动合同或者劳动合同已经不能继续履行的，用人单位应当依照本法第八十七条规定支付赔偿金。
中华人民共和国劳动合同法（2012修正）：第二章 劳动合同的订立 第二十三条 【保密义务和竞业限制】用人单位与劳动者可以在劳动合同中约定保守用人单位的商业秘密和与知识产权相关的保密事项。
对负有保密义务的劳动者，用人单位可以在劳动合同或者保密协议中与劳动者约定竞业限制条款，并约定在解除或者终止劳动合同后，在竞业限制期限内按月给予劳动者经济补偿。劳动者违反竞业限制约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金。
中华人民共和国劳动合同法（2012修正）：第七章 法律责任 第八十七条 【违反解除或者终止劳动合同的法律责任】用人单位违反本法规定解除或者终止劳动合同的，应当依照本法第四十七条规定的经济补偿标准的二倍向劳动者支付赔偿金。
中华人民共和国劳动合同法（2012修正）：第二章 劳动合同的订立 第二十三条 【保密义务和竞业限制】用人单位与劳动者可以在劳动合同中约定保守用人单位的商业秘密和与知识产权相关的保密事项。
对负有保密义务的劳动者，用人单位可以在劳动合同或者保密协议中与劳动者约定竞业限制条款，并约定在解除或者终止劳动合同后，在竞业限制期限内按月给予劳动者经济补偿。劳动者违反竞业限制约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金。
中华人民共和国劳动合同法（2012修正）：第七章 法律责任 第八十七条 【违反解除或者终止劳动合同的法律责任】用人单位违反本法规定解除或者终止劳动合同的，应当依照本法第四十七条规定的经济补偿标准的二倍向劳动者支付赔偿金。
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