法律分析：村委会是基层群众性自治组织，不是国家基层政权组织，不是一级政府，也不是政府的派出机关。因此，乡镇政府与村委会的关系，不能简单地照搬上下级政府之间的关系，必须与村委会的性质相适应，必须有利于村民自治的落实，有利于农村民主政治建设。根据本条的规定，乡镇政府与村委会的关系，应当把握以下几点：
乡镇政府与村委会不是领导关系
关于乡镇政府与村委会是否应规定为领导关系，在立法过程中一直存在较大分歧意见。
一种意见主张规定为领导关系，理由是：
(1)乡镇政府的许多工作必须依靠村委会办理，不是领导关系，村委会可能不听从指挥，乡镇政府的工作就无人落实。
(2)领导关系与村民自治并不矛盾，民族区域自治也是自治，但上级政府与民族自治地方的政府也是领导关系。
(3)现实中一直是领导关系，不应改变。
另一种意见认为不能规定为领导关系，理由是：
(1)村委会是基层群众性自治组织，不是乡镇政府的下级，村委会干部不是国家公务员，不拿国家工资，他们的补贴是村民给的，乡镇政府与村委会不是上下级关系，那当然也就不存在领导关系。
(2)基层群众自治与民族区域自治不同，民族区域自治是政权性自治，民族自治地方的政府仍然是一级政府，负有执行国家法律、法规和上级政府的各项指示、命令的义务，因此必须接受上级政府的领导；而村委会是群众性自治组织，只负有遵守和宣传国家法律、法规和政府的各项指示、命令的义务，没有具体执行的义务，因此不存在需要受政府领导的问题。
(3)领导关系就意味着乡镇政府可以任命和撤换村委会干部，可以改变、撤销村委会作出的决定，可以命令村委会办理各种各样的政府工作，也可以将属于村民自治范围内的事项收到政府手里来办，照此办理，村民自治就无从谈起。
(4)至于有的同志提出，现在乡镇干部少、任务重，很多工作都得通过村委会才能得以落实，不规定领导关系，乡镇政府没有了村委会这个“腿”，工作就很难开展。应当说，这种忧虑是不无道理的，特别是有些乡镇管辖的范围比较大，管理上确实存在着许多困难。但解决这些问题绝不能以牺牲群众自治为代价。解决的途径，一是要使乡镇政府的干部队伍更加精干；二是要把一些规模偏大的乡镇区划适当划小；三是要转变工作方法和工作作风，改变一些乡镇基层干部存在的机关化、官僚化的现象，提高办事效率。基层，顾名思义，就是最低的一层。乡镇作为基层政府，就是各级政府的最低一级，下面没有也不应当再有什么“腿”。乡镇政府的主要任务，就是把各项具体行政工作直接地落实到千家万户，这与中央和省、自治区、直辖市不同。中央和省、自治区、直辖市政府的主要任务是制定政策。因此，其工作方法主要是搞调查、发文件、下指示，然后通过乡镇政府(还有市县政府)的工作具体落实到千家万户。但我们现在很多乡镇干部却不习惯于具体办理各项行政事务，而习惯于坐在屋里发文件、打电话、下指示，让村委会去办理各项行政事务，机关化、官僚化现象十分严重，这与基层干部这一性质是极其不相称的。这种状况必须尽快改变。在此基础上，村委会也要通过宣传政府的各项规定，说服、动员群众自觉地履行各项应尽的义务等办法，来协助乡镇政府的工作。
立法机关经过反复研究，认为第二种意见符合村委会的性质，有利于村民自治和基层民主政治建设。因此，将乡镇政府与村委会的关系规定为指导关系，而不是领导关系。
