律师分析：
不合法，迟到扣工资和全勤根据我国《宪法》规定：公民合法的私有财产权不受侵犯。依照《立法法》和《行政处罚法》的规定，对财产的处罚只能由法律、法规和规章设定。公司是以营利为目的的经济组织，当然无权在规章制度中设定罚款条款。因此单位不能对员工处以罚款。 由于法律对维护劳动者合法权益和提高公司管理效益二者都要兼顾，对于劳动者肆意迟到等违反劳动纪律的行为，用人单位虽然不能罚款但是有权在规章制度中制定相应的考勤制度合理扣发一定的全勤奖。
【法律依据】：
《中华人民共和国劳动合同法》第四条 用人单位应当依法建立和完善劳动规章制度，保障劳动者享有劳动权利、履行劳动义务。
用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。
在规章制度和重大事项决定实施过程中，工会或者职工认为不适当的，有权向用人单位提出，通过协商予以修改完善。
用人单位应当将直接涉及劳动者切身利益的规章制度和重大事项决定公示，或者告知劳动者。
