员工上厕所被罚款肯定是不合法的，如果员工的利益因此受到损失的话，那么是可以与单位进行协商。如果协商不好的话，那么是可以直接向劳动部门投诉，或者是直接的申请劳动仲裁的。
员工上厕所被罚款是不合法的。上厕所是正常生理需求，无理地规定时间或者是次数，未必合理。公司可对此规定作出修改，员工对单位的处罚决定不服，可以与本单位协商解决。如协商未果，可以向企业劳动争议调委员会申请调解，还可以向本辖区的劳动争议仲裁委员会申请仲裁。如果对仲裁结果不服，可以向人民法院起诉。
二、不服劳动仲裁起诉的流程是什么样的?
按规定，劳动争议当事人不服劳动仲裁的，可以在收到裁决书之日起15日内向仲裁委所在地基层法院起诉，并提交相应的材料，如起诉状、劳动仲裁裁决书等。
起诉后，要按照以下的程序进行:
1、劳动争议案件的当事人提起诉讼请求，并提交起诉状;
2、法院审查后，作出受理决定的在7日内立案，作出不受理决定的在7日裁定不予受理;
3、劳动争议诉讼案件的原告要在7日内缴纳诉讼费，逾期未缴会视为自动撤诉;
4、在立案后，法院将起诉状副本送达至被告;
5、双方当事人在法院规定的期限内提交与案件有关的证据;
6、在立案后，法院组成合议庭，安排好合议庭的人员告知当事人;
7、法院安排好开庭时间和地点后，通知当事人和起诉参与人;
8、法院开庭审理后，会核实当事人身份、告知当事人权利义务等诉讼程序;
9、法院调解成功的，将制作调解书，若调解不成功，法院即作出裁决。
三、不服劳动仲裁起诉期限是多久?
对劳动争议案件的仲裁裁决不服的，可以自收到仲裁裁决书之日起十五日内向人民法院提起诉讼;期满不起诉的，裁决书发生法律效力。申请撤销劳动仲裁裁决的，自收到仲裁裁决书之日起三十日内，向劳动争议仲裁委员会所在地的中级人民法院申请撤销裁决。
综合上面所说的，上厕所被罚款，单位制定这种条款是不合理的，而且也违反劳动者最基本的合法权益。只要劳动者的利益受到损失的话，那么就可以利用法律的途径来保障自己的权益，用人单位也会因此而承担法律责任，所以，违背法律条款的制度是不能实施的。
