孕妇主动申请离职的情况下，公司是不会赔偿的，对于主动离职的情况下，是不符合支付经济补偿的条件的，具体情况下应当由来司法机关来进行合法的认定和处理，避免法律适用错误的情况。
不会赔偿，员工主动离职且公司没有过错的是不需要给予补偿的，但是需要支付与实际工作时间相对应的工资。根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十七条 劳动者提前通知解除劳动合同劳动者提前三十日以书面形式通知用人单位，可以解除劳动合同。劳动者在试用期内提前三日通知用人单位，可以解除劳动合同。
二、《劳动合同法》
第三十八条 劳动者单方解除劳动合同
用人单位有下列情形之一的，劳动者可以解除劳动合同:
(一)未按照劳动合同约定提供劳动保护或者劳动条件的;
(二)未及时足额支付劳动报酬的;
(三)未依法为劳动者缴纳社会保险费的;
(四)用人单位的规章制度违反法律、法规的规定，损害劳动者权益的;
(五)因本法第二十六条第一款规定的情形致使劳动合同无效的;(六)法律、行政法规规定劳动者可以解除劳动合同的其他情形。用人单位以暴力、威胁或者非法限制人身自由的手段强迫劳动者劳动的，或者用人单位违章指挥、强令冒险作业危及劳动者人身安全的，劳动者可以立即解除劳动合同，不需事先告知用人单位。
第四十六条 经济补偿
有下列情形之一的，用人单位应当向劳动者支付经济补偿:
(一)劳动者依照本法第三十八条规定解除劳动合同的;
(二)用人单位依照本法第三十六条规定向劳动者提出解除劳动合同并与劳动者协商一致解除劳动合同的;
(三)用人单位依照本法第四十条规定解除劳动合同的;
(四)用人单位依照本法第四十一条第一款规定解除劳动合同的;(五)除用人单位维持或者提高劳动合同约定条件续订劳动合同，劳动者不同意续订的情形外，依照本法第四十四条第一项规定终止固定期限劳动合同的;
(六)依照本法第四十四条第四项、第五项规定终止劳动合同的;(七)法律、行政法规规定的其他情形。
有关经济补偿的认定是有一定的条件的，在司法实践中，应当严格按照法律规定的情况来进行处理，特别是对于孕妇主动申请离职的情况下，用人单位是可以解除劳动合同的，虽然不需要支付经济补偿，但也需要对工资待遇等进行清算。
