职工发现扣除社保费用以后工资表的工资收入跟实际收入不一致的，应该先跟公司协商，如果发现公司有违法扣工资的行为，跟公司协商无效的情况下，可以到劳动局投诉或者申请劳动仲裁。但是用人单位是有权代扣社保及个人所得税等相关费用的。
扣除社会保险工资表的工资收入跟实际收入不一致的可以先跟公司协商，若公司违法扣工资，可以到劳动局投诉。
《工资支付暂行规定》
第十八条
各级劳动行政部门有权监察用人单位工资支付的情况。用人单位有下列侵害劳动者合法权益行为的，由劳动行政部门责令其支付劳动者工资和经济补偿，并可责令其支付赔偿金:
(一)克扣或者无故拖欠劳动者工资的;
(二)拒不支付劳动者延长工作时间工资的;
(三)低于当地最低工资标准支付劳动者工资的。
经济补偿和赔偿金的标准，按国家有关规定执行。
第十九条 劳动者与用人单位因工资支付发生劳动争议的，当事人可依法向劳动争议仲裁机关申请仲裁。对仲裁裁决不服的，可以向人民法院提起诉讼。
二、公司可以从职工工资中代扣社保费用吗?
公司可以从职工工资中代扣社保费用。
《工资支付暂行规定》
第十五条 用人单位不得克扣劳动者工资。有下列情况之一的，用人单位可以代扣劳动者工资:
(一)用人单位代扣代缴的个人所得税;
(二)用人单位代扣代缴的应由劳动者个人负担的各项社会保险费用;
(三)法院判决、裁定中要求代扣的抚养费、赡养费;
(四)法律、法规规定可以从劳动者工资中扣除的其他费用。
三、社保缴费基数如何确定?
根据参加社会保险的险种不同，缴费基数是不一样的:
1、城镇职工养老保险的缴费基数，以本人的月均工资为缴费基数，但是，当职工的工资低于社会平均工资的60%的，则按照社会平均工资的60%作为缴费基数，当职工的工资高于社会平均工资的300%的，按照社会平均工资的300%作为缴费基数。
2、灵活就业人员，由于无法核定其工资，则按照社会平均工资的60%到300%之间，由社保部门设立不同档次的缴费基数，由参保人自行选择档次缴费。
3、城乡居民养老保险的缴费档次，是从100到2000元以上，参保人自由选择缴费基数。
在做工资表的时候，工资表当中就必须写清楚扣除了多少钱的社保费用及个人所得税等费用，员工的应得工资跟实的工资一般情况下是有差别的，因为应得工资是包括扣除社保及税费之前的工资收入。
