公司恶意扣除员工工资的处理方法具体如下：
1、劳动者因被扣除工资发生争议时，应先向用人单位提出支付的要求，主动与用人单位沟通协商。
一般来说，多数用人单位会考虑到诉讼成本和造成的负面影响，会同意支付合理工资的要求。在双方达成一致意见后，劳动者可与用人单位签订和解协议，但要注意该协议并无强制执行力。
2、在劳动争议发生后，劳动者可向劳动争议调解委员会提出请求，要求其主持调解。该劳动争议调解委员会一般由职工代表、用人单位代表和工会代表组成，可相对中立的协助双方化解矛盾；
也有利于减少双方诉累。因此，当因被拖欠工资发生争议时，劳动者可先考虑此种方式。若双方达成一致意见，可由劳动争议调解委员会制作调解协议，但该协议也无强制执行力。
3、在无法与用人单位协商或者经协商仍无效时，劳动者可以在劳动关系终止之日起1年内，向用人单位所在地或者劳动合同履行地的劳动争议仲裁委员会提起仲裁。
与上述方式不同，劳动仲裁是解决劳动争议的必经途径，即在依靠上述几种方式均无法要回工资时，下一步必经劳动仲裁。仲裁开庭前会安排调解，此时制作的调解书具有强制执行力。
一般来说，因拖欠劳动者工资报酬引发的争议，对于用人单位来说是一裁终局的。
4、如果劳动者对劳动仲裁的结果不满意，可以在收到仲裁裁决书之日起15天之内，向仲裁机构所在地法院起诉。也就是说，劳动者如果未能获得满意的结果；
比如没要到工资，或者工资给的少，是有一次救济途径的，即可通过诉讼形式补救一次。而用人单位仅能在具备法定情形时，才能向法院申请撤销仲裁。此项规定体现出了法律对弱势群体的保护。
公司恶意扣除员工工资怎么处理
律师回答
摘要：公司恶意扣除员工工资的处理方法包括以下几种途径：1、与用人单位沟通协商，达成和解协议；2、向劳动争议调解委员会请求调解；3、向劳动争议仲裁委员会提起仲裁；4、如对仲裁结果不满意，可向法院起诉。这些方法都有一定的限制和程序，但提供了保护劳动者权益的途径。
延伸阅读
结语：针对公司恶意扣除员工工资的处理方法，劳动者可通过与用人单位沟通协商、向劳动争议调解委员会请求调解或向劳动仲裁委员会提起仲裁来解决争议。如果以上方式无效，劳动者还可以向法院起诉。这些途径为劳动者提供了有效的救济途径，保障了他们的权益。法律对弱势群体的保护得到了充分体现。
法律依据
《劳动争议调解仲裁法》第五条
发生劳动争议，当事人不愿协商、协商不成或者达成和解协议后不履行的，可以向调解组织申请调解；
不愿调解、调解不成或者达成调解协议后不履行的，可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁；对仲裁裁决不服的，除本法另有规定的外，可以向人民法院提起诉讼。
发生劳动争议，当事人不愿协商、协商不成或者达成和解协议后不履行的，可以向调解组织申请调解；
不愿调解、调解不成或者达成调解协议后不履行的，可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁；对仲裁裁决不服的，除本法另有规定的外，可以向人民法院提起诉讼。
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