申请劳动仲裁不能超过仲裁时限如果员工超过合同规定的工作时间，可以依据《中华人民共和国劳动法》相关规定向用人单位提出加班费申请或者劳动仲裁。
一般来说，劳动仲裁分为三个阶段：
1. 调解阶段：员工可以向所在单位的人力资源部门提出申请，要求进行调解。人力资源部门会组织双方协商，尽量达成调解协议；
2. 申请仲裁阶段：如果调解未果，员工可以向当地劳动仲裁委员会提出仲裁申请。仲裁委员会会约双方到场，进行公正、公平的仲裁。
3. 诉讼阶段：如果仲裁结果仍不满意，员工可以向法院提起诉讼。
在劳动仲裁过程中，员工需要准备相关证据和材料，如劳动合同、加班记录、出勤记录等，可以咨询律师或者劳动监察部门，获取更多的帮助和建议。
总之，在超过合同规定的工作时间的情况下，员工应当及时向用人单位提出申请，并有权向劳动仲裁委员会提出仲裁申请来维护自己的合法权益。劳动仲裁超过几年无效《劳动争议调解仲裁法》第二十七条：劳动争议申请仲裁的时效期间为一年。仲裁时效期间从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。前款规定的仲裁时效，因当事人一方向对方当事人主张权利，或者向有关部门请求权利救济，或者对方当事人同意履行义务而中断。从中断时版起，仲裁时效期间重新计算。因不可抗力或者有其他正当理由，当事人不能在本条第一款规定的仲裁时效期间申请仲裁的，仲裁时效中止。权从中止时效的原因消除之日起，仲裁时效期间继续计算。《仲裁法》第74条规定：“法律对仲裁时效有规定的，适用该规定。法律对仲裁时效没有规定的，适用诉讼时效的规定。”
