公司辞退员工，如果员工持有公司的股份，公司可以通过回购股份或者要求其退股的方式处理股权，当然，如果是股份公司，员工持股是个人事情，其被辞退后也可以继续持有公司的股份。公司回购股份，应当按照股份的实际价格。
员工一旦持有了本公司的股票，就等于多了个身份，该公司的自然人股东，这是法律认定的，只要他不卖出股票，谁也剥夺不了他的股东权利。原始股股东如果辞职与公司解除劳动关系，则丧失持股资格，所持股份应当在离职后一个月内转让给公司;原始股股东拒绝按规定转让股权的，公司将强制要求股东转让，强制转让价格为该部分股份所对应的公司上年度末经审计的净资产值。公司侵犯股东权利、股东离职等情形下，公司可以回购股东股权(或股东可以请求公司回购其股权)。公司是股份制公司，但没有上市的，劳动者辞职，单位就要求劳动者退股。上市公司的，劳动者可以不退股的。
二、申请劳动仲裁需要准备哪些材料?
被公司辞退拒绝赔偿需要准备劳动关系证明，用人单位辞退的证据，工资收入证据，仲裁申请书等去劳动部门申请劳动仲裁的。申请人申请仲裁应当提交书面仲裁申请，并按照被申请人人数提交副本。
仲裁申请书应当载明下列事项:
1、劳动者的姓名、性别、年龄、职业、工作单位和住所，用人单位的名称、住所和法定代表人或者主要负责人的姓名、职务;
2、仲裁请求和所根据的事实、理由;
3、证据和证据来源、证人姓名和住所。书写仲裁申请确有困难的，可以口头申请，由劳动争议仲裁委员会记入笔录，并告知对方当事人。
三、公司预告辞退员工的情形有哪些?
1、劳动者患病或非因工负伤，医疗期满后，不能从事原工作也不能从事单位另行安排的工作;
2、劳动者不能胜任工作，经过培训或者调整工作岗位，仍不能胜任工作;
3、劳动合同订立时，所依据的客观情况发生重大变化，致使劳动合同无法履行，经双方协商不能就变更劳动合同达成协议的。
综上所述，有些员工持有公司的股份，如果因为员工过失或者公司方面因素，需要将员工辞退的，对其持有的股份，公司可以按照市价回购，给员工折价赔偿。当然，员工和公司解除劳动关系并不影响继续持股，员工可以将其转让或者自己持有。
