律师分析：
1、机构性质不同，事业单位是行政机构的补充，主要代替政府行使科教文卫等公益服务职能：国企是企业，只是国家为了控制或方便管理一些涉及国计民生、与百姓利益息息相关的行业，通过国有资本控股或占股的方式，实现企业的主导权。
2、财政供养方式不同，事业单位分行政类、公益类和生产经营类，行政类和公务员一样，都是财政全额拨款，本轮机构改革已被取消，大部分改为公益类：公益类分公益一类、二类和三类，一类全部是财政全额拨款，二类差额，三类部分差额、部分自收自支；生产经营类一般都是自收自支性质，国家不投入资金，全部由单位经营或收费留成维持运转。
3、编制类型不同，事业单位统一使用事业编制，但分管理、专技和工勤三种岗位。国企没有编制之说，但实际上套用行政模式管理，如公务员一样也比照设置职级报备上级主管部门或国资委。国企人员达到一定级别，如比照副处，可直接调任行政事业单位任职，不受企业人员身份限制，也无需考试。
4、工资待遇不同，事业单位差不多是财政核发工资。国企实行的是年薪制，工资收入与企业效益挂钩，因此有高有低，高的比事业单位要多得多，而低的可能连生活费都发不出，面临改制下岗的风险。
【法律依据】：
《中华人民共和国国防法》 第十四条 国务院领导和管理国防建设事业，行使下列职权：
（一）、编制国防建设的有关发展规划和计划；
（二）、制定国防建设方面的有关政策和行政法规；
（三）、领导和管理国防科研生产；
（四）、管理国防经费和国防资产；
（五）、领导和管理国民经济动员工作和人民防空、国防交通等方面的建设和组织实施工作；
（六）、领导和管理拥军优属工作和退役军人保障工作；
（七）、与中央军事委员会共同领导民兵的建设，征兵工作，边防、海防、空防和其他重大安全领域防卫的管理工作；
（八）、法律规定的与国防建设事业有关的其他职权。
