法律分析：一、跟总公司签劳动合同工作在分公司合法吗
1、与总公司签合同在分公司上班合法
分公司属于总公司的分支机构，一般情况下没有独.立的法人资格，作出的法律行为必须以总公司的名义，但是依照有关法律规定，依法领取营业执照的分支机构具有独.立的法律地位，可以以自己的名义对外从事民事法律行为(如中国国有四大银行各地的分行等等)。根据你说的情况，你所在的公司应该属于一般情况，因此，针对在分公司工作的员工，应该以总公司的名义与之签署劳动合同。
2、如果以分公司的名义签署劳动合同，由于合同主体不适格，合同归于无效，合同无效即自始无效，相当于没有签署劳动合同，后果是可能面临支付员工双倍工资。
二、与总公司签合同在分公司工作发工资是总公司吗
1、与总公司签合同在分公司工作发工资一般也是分公司，但是，分公司和总公司同属于一个法人主体，所以与分公司签订劳动合同，有分公司缴纳本地社保，工资由总公司发是可以的。而且只要用人单位按时发放工资和缴纳社保，是不违反法律的。
2、若是公司不发放工资
(1)对于这种违法行为，最简单的方法是电话投诉到当地劳动执法监察大队，他们会依据《劳动保障监察条例》依法对用人单位进行监督检查，并责令其支付拖欠的工资。
(2)还可依据劳动合同法第三十条的规定，用人单位拖欠或者未足额支付劳动报酬的，劳动者可以依法向当地人民法院申请支付令，人民法院应当依法发出支付令。
(3)最有效的是直接到当地劳动行政部门申请劳动仲裁(不收费，不用律师)，通过劳动仲裁下达的裁决书，向单位索赔，如果还不赔，可申请法院强制执行。
(4)如果劳动仲裁不予受理或者仲裁不公，还可以在15天内向法院提起民事诉讼，直接通过法院判决执行。
公司在成立后，若是满足一定的条件，可以成立分公司。根据规定，分公司虽然并不具有法人的地位，但是在其经营范围内，依旧可以与他人签署合同，这里的合同包括劳动合同等。特定公民若是与总公司签署劳动合同，约定的工作地点在分公司，那么该职员需要到分公司就职。
法律依据：《中华人民共和国公司法》
第十四条公司可以设立分公司。设立分公司，应当向公司登记机关申请登记，领取营业执照。分公司不具有法人资格，其民事责任由公司承担。
公司可以设立子公司，子公司具有法人资格，依法独立承担民事责任。
