如果员工在劳动合同期限内擅自自离后用人单位也是需要支付工资的，但是只会支付工作天数的工资，如果员工在自离后用人单位无法联系到劳动者本人也是可以暂时不发放工资的，当用人单位能够与当事人联系上但是拒绝支付工资时，员工也是可以通过诉讼方式来维权。
一、劳动合同法员工自离会有工资吗
根据《劳动法》、《劳动合同法》等规定，在员工不辞而别的情况下，劳动者已提供劳动部分对应报酬不应被剥夺。若用人单位有条件支付剩余工资的，如员工的银行卡并未销毁，应及时足额支付。只有在存在工资支付障碍的前提下(例如无工资卡、无法联系本人)，用人单位可以暂缓工资支付。
二、自动离职怎么发工资
1、《劳动合同法》第九十条规定，劳动者违反本法解除劳动合同，或者违反劳动合同约定的保密义务或者竞业限制，给用人单位造成损失的，应当承担赔偿责任(目前内部仲裁规定，员工不辞而别造成损失，用人单位必须承担举证责任)。故对不辞而别的员工，用人单位有权追究其法律责任，但前提是要有员工造成损失的证据。
2、实际操作当中，企业如果没有及时解除劳动合同的，而且员工反悔要求继续履行劳动合同，或者要求缴纳期间的社会保险等，用人单位极有可能面临败诉的风险。单位在员工不辞而别的情况下，应积极履行通知解除劳动关系的程序，以避免可能发生的争议和风险。但现实操作过程中，有很多企业在履行解除劳动关系的时候还是没有及时，建议是在员工不辞而别的第二天马上通过EMS(具有法律效力最大)的形式寄送催告函，然后再按照催告函里面约定的时间寄送解除劳动合同通知书。如果没有及时解除劳动关系，那么在员工不辞而别的期间里，企业要承担非常巨大的风险。
3、根据《劳动法》、《劳动合同法等规定，用人单位应当按照合同约定及时足额支付工资，非法克扣工资或者拖延支付的，应承担相应责任。在员工不辞而别的情况下，劳动者已提供劳动部分对应报酬不应被剥夺。若用人单位有条件支付剩余工资的，如员工的银行卡并未销毁，应及时足额支付。只有在存在工资支付障碍的前提下(例如无工资卡、无法联系本人)，用人单位可以暂缓工资支付。从风险控制角度，用人单位应当及时通知劳动者前来领取工资，若劳动者未按通知前来领取，用人单位不承担工资拖延的责任。
为了更好的保障劳动者和用人单位和合法权益，国家也是规定了双方一定要签订劳动合同的，如果在劳动合同履行期间劳动者做出了擅自离职等情况后也是属于违约的行为，用人单位可以立即与其解除劳动关系，但是用人单位也是需要支付对方已经提供劳动部门的报酬。
