法律分析：一、农村房屋土地证和户主不是一个人怎么办
农村宅基地确权虽然是登记户主的名字，但是在其它情况下还可以是其它家庭成员的名字，登记非户主外的人需要按照普通的登记流程，不受非户主登记的影响。
国土部门可以把宅基地档案登记的家庭以及户口本的家庭都列为审批对象重新审批，如果本来就属于法律上的一个家庭，房子就是属于家庭共有的，这个家庭有没有宅基地使用权直接决定房子对其来说是不是合法建筑。
县级人民政府依法享有确定土地使用权的权利(县级国土局是承办单位)，村委会无权确定土地使用权。
《土地管理法》
第十一条农民集体所有的土地，由县级人民政府登记造册，核发证书，确认所有权。
农民集体所有的土地依法用于非农业建设的，由县级人民政府登记造册，核发证书，确认建设用地使用权。
单位和个人依法使用的国有土地，由县级以上人民政府登记造册，核发证书，确认使用权;其中，中央国家机关使用的国有土地的具体登记发证机关，由国务院确定。
二、土地证办理流程
1、向开发商领取房屋权属登记申请表(有开发商盖章的)、房屋分层分户图、购房发票、办理土地证的图。
2、缴纳维修基金。
3、缴纳契税。
4、办理产权证。
5、办理土地证。
法律依据：《土地管理法》
第十一条农民集体所有的土地，由县级人民政府登记造册，核发证书，确认所有权。
农民集体所有的土地依法用于非农业建设的，由县级人民政府登记造册，核发证书，确认建设用地使用权。
单位和个人依法使用的国有土地，由县级以上人民政府登记造册，核发证书，确认使用权;其中，中央国家机关使用的国有土地的具体登记发证机关，由国务院确定。
