法律分析：一、派遣合同主体是新疆的单位,用工在异地,仲裁在哪边仲裁呢
发生劳动争议的单位与职工不在同一个仲裁委员会管辖区的，由职工当事人工资关系所在地的仲裁委受理。但是在实际劳动关系中，工资所在地很多情况下都是用人单位所在地，这样的规定对用人单位有利，而对劳动者则极为不便。很多劳动争议纠纷的标的额并不高，在计算仲裁成本与仲裁结果风险，权衡利弊后，劳动者或许只能接受被用人单位侵害自身合法权益，而放弃到异地申请仲裁的权利，尤其是当工资所在地与实际工作地在两个不同的城市之间，仲裁的高成本以及结果的不确定性，往往使劳动者选择了放弃。
二、怎么申请劳动仲裁
1、递交劳动仲裁申请书及相关证据。
2、申请书符合要求的，仲裁委员会自收到申请书之日起5日内做出受理或者不予受理的决定。
仲裁委员会决定受理的，自做出决定之日起5日内将申请书副本送达被申请人，并组成仲裁庭；
决定不予受理的，说明理由，申请人可以就该劳动争议事项向人民法院提起诉讼。
3、被申请人收到仲裁申请书副本后，应当在十日内向劳动争议仲裁委员会提交答辩书。
被申请人未提交答辩书的，不影响仲裁程序的进行。
当事人对自己提出的主张，有责任提供证据。
与争议事项有关的证据属于用人单位掌握管理的，用人单位应当在指定期限内提供。
用人单位不提供的，应当承担不利后果。
4、劳动争议仲裁公开进行，但当事人协议不公开进行或者涉及国家秘密、商业秘密和个人隐私的除外。
仲裁庭在开庭五日前，将开庭日期、地点书面通知双方当事人。
当事人有正当理由的，可以在开庭三日前请求延期开庭。
是否延期，由劳动争议仲裁委员会决定。
5、当事人接到通知，无正当理由拒不到庭的，或未经仲裁庭同意中途退庭的，对申请人按照撤回申请处理，对被申请人可以缺席裁决。
6、仲裁庭处理劳动争议应当先行调解，在查明事实的基础上促使当事人双方自愿达成协议，并将协议内容制作调解书，调解书经双方当事人签收后，发生法律效力。
调解不成或者调解书送达前，一方当事人反悔的，仲裁庭应当及时作出裁决。
7、仲裁庭裁决劳动争议案件，应当自劳动争议仲裁委员会受理仲裁申请之日起四十五日内结束。
案情复杂需要延期的，经批准可以延期，但是延长期限不得超过十五日。
逾期未作出仲裁裁决的，当事人可以就该劳动争议事项向人民法院提起诉讼。
8、仲裁庭做出裁决前，申请人撤回仲裁申请的，仲裁庭经审查后，认为其撤回申请成立的，向双方当事人发出《准予撤回申请决定书》；
但被申请人提出反申请的，不影响反申请的审理。
通过上述分析知道，依据《劳动争议调解仲裁法》的规定，劳动争议由劳动合同履行地或者用人单位所在地的劳动争议仲裁委员会管辖。
所以劳动争议案件进行仲裁的，不适用指定管辖的。
法律依据：《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二十一条
劳动争议仲裁委员会负责管辖本区域内发生的劳动争议。劳动争议由劳动合同履行地或者用人单位所在地的劳动争议仲裁委员会管辖。
双方当事人分别向劳动合同履行地和用人单位所在地的劳动争议仲裁委员会申请仲裁的，由劳动合同履行地的劳动争议仲裁委员会管辖。
